Новый метод позволяет измерить генную активность во всём организме мыши
Исследователи разработали новую технику, сочетающую криостат (замораживающий микротом) и пространственную транскриптомику, позволяющую измерять экспрессию генов на целых срезах тела мыши за один раз, что открывает новые перспективы для разработки лекарств и изучения заболеваний.
Короткое резюме
Учёные недавно опубликовали исследование в журнале «Клетка», представив новый метод, позволяющий однократно измерить генную экспрессию всего организма мыши. Метод сочетает криостаты с молекулярными технологиями, позволяя проводить тонкослойное сечение замороженной мыши и анализировать активность тысяч генов в каждом срезе, что считается значительным технологическим прорывом в этой области.
Технология основана на принципах пространственной транскриптомики и использует зонды с молекулярными метками, размещённые на предметных стёклах, для захвата молекул РНК в гистологических срезах, тем самым определяя местоположение генной экспрессии. Команда из Университета Чикаго оптимизировала процесс обработки большого количества образцов и разработала вычислительные инструменты для анализа. В экспериментах использовались мыши в возрасте шести недель, при этом каждый срез охватывал около 600 000 точек измерения и 5 000 000 клеток.
Команда подтвердила потенциал метода, вводя мышам бактериальный токсин, и обнаружила, что токсин вызвал изменения в активности более 5 000 генов в 37 субрегионах тканей и 16 типах органов. Метод позволяет выявить системное воздействие лекарств на различные органы и способствует изучению заболеваний и генетических мутаций. Однако метод не достигает разрешения на уровне отдельных клеток и может упустить редкие транскрипты, но исследователи считают, что у него большие перспективы и он может привести к множеству биологических открытий.
Новая технология позволяет измерить генную экспрессию всего организма мыши
Сочетая криостат и пространственную транскриптомику, можно однократно проанализировать активность тысяч генов в срезах целой мыши
Эксперимент подтвердил системное изменение генной активности в ответ на воспалительную реакцию
После введения бактериального токсина у мышей было зафиксировано изменение активности более 5 000 генов в 37 субрегионах тканей и 16 типах органов
Метод полезен для изучения лекарств и заболеваний
Позволяет наблюдать эффект лекарств на несколько органов и системные реакции, вызванные определёнными заболеваниями или генетическими мутациями
Ограничения технологии включают отсутствие разрешения на уровне отдельных клеток
В каждой точке захватывается РНК из нескольких клеток, что может привести к упущению редких транскриптов и недооценке изменений в генной экспрессии
Текст сгенерирован с использованием ИИ
