Одноклеточное картирование регуляторных ДНК-белковых взаимодействий
Исследователи разработали технологию D&D-seq, позволяющую на уровне отдельных клеток анализировать слабые или кратковременные взаимодействия между ДНК и белками, что обеспечивает новый инструмент для изучения регуляции генов.
Короткое резюме
Команда Ивана Раймонди из Висконсинского университета в Мэдисоне разработала новую технологию под названием D&D-seq для анализа взаимодействия ДНК и белков. Технология сочетает антитело-конъюгированные наночастицы с редактором оснований CRISPR и посредством направленного редактирования оснований гуанина и цитозина позволяет обнаруживать слабые или кратковременные связывания факторов в местах связывания белков в геноме, преодолевая технические ограничения традиционных методов на уровне отдельных клеток.
В исследовании были объединены методы транспозазы-доступного хроматинового секвенирования (ATAC-seq) и одноклеточного ATAC-seq (scATAC-seq) для оценки доступности хроматина как показателя активности транскрипционных факторов. Комбинирование D&D-seq с полногеномным секвенированием позволило успешно зафиксировать связывание белка CTCF с активным и неактивным хроматином. Технология совместима со стандартными одноклеточными мультиомными рабочими процессами и позволяет проводить комплексный анализ регуляции генов.
Разработка этого метода решает проблему визуализации слабых или кратковременных взаимодействий ДНК и белков на уровне отдельных клеток. Исследовательская группа утверждает, что технология D&D-seq поможет углубить понимание механизмов регуляции генов и предоставит новые аналитические инструменты для изучения клеточного разнообразия и аномалий регуляции генов, связанных с заболеваниями. Результаты исследования были опубликованы в журнале «Cell».
Разработка новой технологии D&D-seq
Сочетание антитело-конъюгированных наночастиц с редактором оснований CRISPR позволяет обнаруживать слабые или кратковременные связывания факторов в местах связывания белков
Совместимость с одноклеточными системами
D&D-seq совместима со стандартными одноклеточными мультиомными рабочими процессами и позволяет проводить комплексный анализ регуляции генов
Фиксация связывания CTCF
Сочетание D&D-seq с полногеномным секвенированием позволило успешно зафиксировать связывание CTCF с активным и неактивным хроматином
Технический прорыв
Решение проблемы визуализации слабых или кратковременных взаимодействий ДНК и белков на уровне отдельных клеток
Текст сгенерирован с использованием ИИ
