Юань Кай: Контроль качества образцов — это жизненная линия биобанка

Юань Кай отмечает, что проблема контроля качества исторических образцов широко распространена среди биобанков, но это не мешает им оставаться незаменимым научным ресурсом. Ранние образцы ДНК часто обрабатывались вручную методом фенол-хлороформ, что приводило к различиям в чистоте и целостности между партиями. Стандарты контроля качества того времени соответствовали потребностям секвенирования по Сэнгеру и генотипирования, но не предвидели строгих требований к целостности ДНК для секвенирования третьего поколения, которому необходимы очень длинные фрагменты для точного анализа структурных вариаций генов. Кроме того, ранние условия хранения были менее стабильны, что за десятилетия привело к деградации части образцов, создав несоответствие между их качеством и требованиями новых технологий.

Для решения этой проблемы его команда предприняла двухсторонний подход. С одной стороны, были заново проанализированы все записи о сборе, обработке и хранении ранних образцов, созданы подробные архивы прослеживаемости качества, а с помощью многомерных методов тестирования (измерение концентрации нуклеиновых кислот, электрофорез в агарозном геле) были отобраны и помечены образцы с лучшей сохранностью. С другой стороны, была исследована стратегия технологической комплементарности: образцы с недостаточной целостностью, но приемлемой чистотой, могут использоваться для исследований, не требующих сверхдлинных фрагментов (например, секвенирование второго поколения, генотипирование), в то время как новые, важные семейные образцы обрабатываются более качественным и стабильным методом магнитных шариков, становясь ключевым ресурсом для секвенирования третьего поколения. Такой классифицированный подход направлен на максимизацию ценности каждого образца.

Контроль качества образцов рассматривается как жизненная линия биобанка. На будущее команда планирует сосредоточиться на трёх направлениях: 1) совершенствование системы контроля качества на протяжении всего жизненного цикла образца (от сбора до использования); 2) динамическое обновление стандартов контроля качества в соответствии с передовыми технологическими потребностями; 3) усиление межцентрового сотрудничества в области контроля качества, включая разработку единых стандартов оценки и механизмов обмена, чтобы ценные образцы приносили пользу в более широком масштабе. Эксперт уверен, что эти исторические образцы, хранящиеся десятилетиями, продолжат приносить неоценимую пользу в будущих клинических исследованиях.