Онлайн-сервис для интерпретации результатов при прогнозировании устойчивости к бедаквилину по молекулярно-биологическим данным

Обоснование. Бедаквилин – новый и многообещающий противотуберкулёзный препарат, однако при длительном лечении к нему развивается устойчивость. Это связано преимущественно с мутациями в генах atpE и mmpR у M. tuberculosis (МБТ).

Цель работы. Апробация системы автоматизированной интерпретации результатов при прогнозировании устойчивости к бедаквилину на основе молекулярно-биологических данных.

Материалы и методы. ДНК выделяли из штаммов M. tuberculosis, циркулировавших в Иркутской области и Республике Саха (Якутии). Общее количество исследованных ДНК составило 27 штаммов из Якутии и 21 штамм из Иркутской области. Исследование геномов МБТ было проведено на ДНК штаммов, полученных авторами ранее на территориях Иркутской области (n = 5), Республики Саха (Якутия) (n = 4), Республики Бурятия (n = 3), Забайкальского края (n = 4) и Дальнего Востока (n = 8). Для выявления устойчивости к бедаквилину на основе нуклеотидной последовательностей генов и геномных данных мы использовали программу BSATool. При использовании секвенирования по Сэнгеру анализировались гены atpE и mmpR, при полногеномном секвенировании исследовались мутации в этих же последовательностях, а также дополнительно в mmpL5, mmpS5, Rv0678, Rv1979c и pepQ.

Результаты. Обнаружено полное соответствие фенотипических и генотипических результатов оценки устойчивости к бедаквилину для трёх штаммов из Якутии. Кроме того, при анализе геномных данных обнаружен один геном со значимыми мутациями, способными вызвать устойчивость к бедаквилину. Делается вывод об относительно низком распространении мутаций, способных вызвать устойчивость к этому антибиотику, что совпадает с данными других исследователей в России. Сделано заключение о важности молекулярно-биологического анализа генов-мишеней с последующим выявлением устойчивости к бедаквилину in silico.