Генотипические свойства коллекционных штаммов чумного микроба из природных очагов чумы Казахстана

Обоснование. При эпидемиологическом и эпизоотологическом мониторинге природных очагов чумы необходим комплексный подход решения проблем с учётом фенотипической и генетической вариабельности Y. pestis и районирования природных очагов чумы. Внедрение новой молекулярно-генетической методологии, направленной на изучение геномного полиморфизма возбудителя чумы, обеспечивает получение достоверных результатов для дифференциации не только групп, но и отдельных штаммов.

Цель исследования. Определение генотипов чумного микроба из разных автономных очагов Республики Казахстан.

Материалы и методы. Изучены 105 штаммов Y. pestis, выделенных из различных природных очагов чумы Казахстана в 1951–2015 гг. Фенотипические свойства штаммов изучены стандартными микробиологическими методами. Применялась полимеразная цепная реакция (ПЦР) на выявление фрагментов генов cafl, pst и YPO2088. MLVA-анализ (multilocus variable number tandem repeat (VNTR) analysis) проводили по 25 VNTR-локусам.

Результаты. Предварительно изучены фенотипические характеристики штаммов и проведено тестирование штаммов чумного микроба на специфичность с помощью тест-системы «Pest-Quest» (Казахстан). Исследование методом ПЦР подтвердило видоспецифическую принадлежность штаммов Y. pestis. Выявлено разнообразие штаммов при типичных фенотипических характеристиках. Методом MLVA-анализа по 25 ключевым локусам установлено, что исследуемые штаммы чумного микроба филогенетически наиболее близки к представителям биовара Mediaevalis. Получено филогенетическое дерево изученных штаммов. Установлено, что на территории Казахстана циркулируют 9 генотипов, и выявлено их распределение по определённым природным очагам чумы.

Заключение. Полученная кластеризация свидетельствует о связи групп штаммов, полученных на дендрограмме методом MLVA25, с территориями определённых природных очагов чумы.