Результаты апробации оптимизированного метода мультилокусного сиквенс-анализа патогенных боррелий группы Borrelia burgdorferi sensu lato

Цель исследования – апробация возможности идентификации изолятов патогенных боррелий группы Borrelia burgdorferi sensu lato по специфичности сцепленных последовательностей локусов их генов recA и ospA, т.е. оптимизированным методом мультилокусного сиквенс-анализа (МЛСА).Материалы и методы. Исследовано 25 изолятов боррелий от взрослых голодных клещей Ixodes ricinus, отловленных в лесостепной части Воронежской области. Изоляты получены посевом материала кишечника клещей на среду BSK. Их первичная идентификация проведена путем анализа сцепленных последовательностей локусов генов recA и ospA общей длиной 360 п.н. Выборочный контроль видовой принадлежности изолятов проведен в соответствии с протоколом полного МЛСА путем анализа нуклеотидных последовательностей 6 генов (recA, ospA, rrs, hbb, groEL, fla) и межгенного спейсера rrf-rrl (общей длиной всех 7 локусов 1187 п.н.) с использованием платформы BLAST, программ Sequence scanner 2 и MEGA11.Результаты и обсуждение. Исследована гетерогенность нуклеотидных последовательностей генов recA и ospA у 25 изолятов боррелий. Путем построения дендрограмм среди изолятов выявлены пять различных вариантов последовательностей. Показано сходство изолятов внутри каждой из этих пяти групп, а также их отличие от аналогичных сцепленных последовательностей других видов патогенных боррелий комплекса B. burgdorferi sensu lato. Для подтверждения полученных результатов проведено выборочное исследование изолятов из каждой группы по полному протоколу МЛСА. Выявлено, что в исследованных экосистемах Воронежской области циркулируют боррелии пяти видов: B. afzelii, B. garinii, B. bavariensis, B. burgdorferi sensu stricto и B. valaisiana.

Проблемы особо опасных инфекций

иксодовые клещевые боррелиозы

МЛСА

идентификация возбудителя

лабораторная диагностика

Цель исследования – апробация возможности идентификации изолятов патогенных боррелий группы Borrelia burgdorferi sensu lato по специфичности сцепленных последовательностей ...

Результаты апробации оптимизированного метода мультилокусного сиквенс-анализа патогенных боррелий группы Borrelia burgdorferi sensu lato

Авторы

Крупинская Е.С.

Коренберг Э.И.

Голидонова К.А.

Горелова Н.Б.

Матросова В.А.

Рекомендуем изучить