Характеристика CTX + штамма Vibrio cholerae O1, выделенного в 2023 г. из реки Темерник в Ростове-на-Дону

Цель работы – определение фено- и генотипических особенностей CTX+ штамма Vibrio cholerae, выделенного в 2023 г. из пробы воды, и сравнительный биоинформационный анализ данных полногеномного секвенирования.Материалы и методы. Полногеномное секвенирование выполняли на платформах MiSeq (Illumina) и MinIon (Oxford Nanopore Technologies), гибридную сборку полного генома проводили с использованием алгоритма Trycycler, устранение ошибок сборки – с помощью алгоритма Medaka и программы Pilon. Построение дендрограммы и биоинформационный анализ осуществляли с использованием пакетов SciPy и Graphviz, программ BioEdit, BLASTN, BLASTP, CARD, ICE Genotyper, Vector NTI. Способность к токсинопродукции проверяли с помощью иммуноферментного анализа GM1ИФА.Результаты и обсуждение. Выделенный штамм идентифицирован как V. cholerae О1 Огава, чувствительный к большинству антибиотиков. По совокупности генетических свойств он отнесен к первым геновариантам, отличающимся от типовых штаммов Эль Тор только наличием гена ctxB1 классического типа вместо ctxB3 типа Эль Тор. Установлено, что он содержит тандемно дуплицированный профаг СТХ в составе малой хромосомы и тандем из двух копий профага RS1 в составе большой. При этом ген rstR профага СТХ относился к классическому типу, а профага RS1 – к типу Эль Тор. Остальные критерии эпидемической опасности – tcpAelt, rtxA1 и интактный VSP-II – не отличались от прототипов. В геноме штамма обнаружен ICE-элемент VchBan11, содержащий ген устойчивости к триметоприму dfrA1, и фенотипически штамм устойчив к этому антибиотику. В условиях in vitro штамм не продуцировал холерный токсин, как показали результаты ИФА. Возможно, это связано с наличием делеции в регуляторном гене toxR. Штаммы, подобные изоляту 2023 г., относят в основном ко второй волне седьмой пандемии. В настоящее время они практически вытеснены новыми геновариантами, но изредка могут встречаться и даже вызывать заболевания. Поэтому их заносы на территорию России потенциально могут представлять угрозу здоровью населения.

Проблемы особо опасных инфекций

Vibrio cholerae

полногеномное секвенирование

гибридная сборка

биоинформационный анализ

профаг CTX

профаг RS1

ICE-элемент

GM1ИФ

Цель работы – определение фено- и генотипических особенностей CTX+ штамма Vibrio cholerae, выделенного в 2023 г. из пробы воды, и сравнительный биоинформационный анализ дан...

Характеристика CTX + штамма Vibrio cholerae O1, выделенного в 2023 г. из реки Темерник в Ростове-на-Дону

Авторы

Монахова Е.В.

Кругликов В.Д.

Водопьянов А.С.

Краснов Я.М.

Катышев С.Д.

Шарапова Н.А.

Алексеева Л.П.

Меньшикова Е.А.

Евдокимова В.В.

Ежова М.И.

Рекомендуем изучить