Внутривидовая дифференциация штаммов Francisella tularensis с помощью молекулярно-генетических методов. Комплексный подход

Цель исследования – разработка алгоритма внутривидовой дифференциации штаммов возбудителя туляремии с использованием комплекса подходов, основанных на амплификационных и секвенационных технологиях.

Материалы и методы. В работе использовали 97 штаммов Francisella tularensis различных подвидов, биоваров и субпопуляций. Внутривидовую принадлежность штаммов возбудителя туляремии осуществляли с использованием системы «F. tularensis-4c», анализа вариабельности области дифференциации RD1, гена sdhA, дискодиффузионным методом с использованием дисков с эритромицином. Фрагментное секвенирование по Сэнгеру осуществляли на генетическом анализаторе 3500 XL (Applied Biosystems, США) с учетом рекомендаций производителя. Оценку гомологии последовательностей – по алгоритму BLAST, используя базу данных GenBank NCBI, программы MEGA11 v11.0.13 и Unipro UGENE v50.0.

Результаты и обсуждение. Выявлены подвидо- и биовароспецифичные мутации в гене 23S рРНК. Определены перспективные для изучения участки данного гена с помощью фрагментного секвенирования. Предложена комплексная схема внутривидовой дифференциации штаммов туляремийного микроба, где на первом этапе проводится определение подвидовой принадлежности и биовара japonica, а на втором – верификация полученных результатов на основании определения мутаций в гене 23S рРНК. Эффективность предложенного комплексного подхода подтверждена при исследовании 97 коллекционных штаммов возбудителя туляремии. Проведенные исследования позволяют осуществить быструю идентификацию штаммов разных подвидов туляремийного микроба и верифицировать их таксономическую принадлежность с помощью молекулярно-генетических методов, дополняют данные о циркуляции различных подвидов, биоваров и субпопуляций патогена на территории Европы, Азии и других регионов мира.