Сравнительный анализ штаммов вируса клещевого энцефалита европейского субтипа, изолированных от больных людей из Восточной Сибири и из Восточной и Северной Европы

Обоснование. Изоляцией штаммов вируса клещевого энцефалита европейского субтипа (ВКЭ-Евр) от больных людей было доказано, что в Сибири он участвует в региональной инфекционной патологии и вызывает клиническую картину, сходную с западным КЭ. Однако сравнительный анализ геномов штаммов ВКЭ-Евр, выделенных от людей больных КЭ в Восточной Сибири и в Европе, не проводился.

Цель исследования. Сравнительное исследование генома и поиск детерминант вирулентности у штаммов ВКЭ-Евр, изолированных от больных людей из Восточной Сибири и Европы.

Материалы и методы. В работе использован штамм 1G-98 ВКЭ-Евр из коллекции ФГБНУ НЦ ПЗСРЧ (GenBank № KY069119). В анализ также включены все полногеномные последовательности штаммов ВКЭ-Евр от людей, депонированные в GenBank на момент начала исследований. Секвенирование генома штамма 1G-98 проведено по методу Сэнгера. Получена характеристика вирулентности штамма при внутримозговом и подкожном заражении лабораторных мышей.

Результаты. Показано, что по кодирующей области генома уровень различий штаммов ВКЭ-Евр из Сибири не превышает установленный ранее максимальный для данного субтипа показатель в 3,1 %. Установлено, что штамм 1G-98, выделенный из крови больного КЭ из Иркутской области, характеризуется высокими показателями церебральной и периферической активности. У него выявлена мутация D67G в домене DII белка Е, которая потенциально может быть ассоциирована с вирулентностью, обнаружена протяжённая делеция в вариабельной части 3’-некодирующей области генома, сопоставимая по длине с высоковирулентным штаммом Hypr из Европы.

Заключение. Впервые осуществлён сравнительный анализ геномов штаммов ВКЭ-Евр от больных людей из азиатской части России и Европы, показавший их генетическое сходство, выявлены потенциальные детерминанты вирулентности.