Филогения и свойства штаммов Yersinia pseudotuberculosis из Аксайского высокогорного и Прибалхашского пустынного очагов чумы

Цель работы – получить комплексную характеристику штаммов Yersinia pseudotuberculosis из Аксайского высокогорного и Прибалхашского пустынного очагов чумы Центральной Азии. Материалы и методы. Изучение культурально-морфологических и биохимических свойств исследуемых штаммов проводили с помощью принятых методов лабораторной диагностики. Для полногеномного секвенирования использовали Ion S5 XL System (Thermo Fischer Scientific). Обработку данных и сборку последовательностей сырых ридов de novo выполняли с помощью Ion Torrent Suite software package 5.12 и Newbler gsAssembler 2.6 (454 Life Sciences). Для поиска маркерных SNPs использовали программу Wombac 2.0 на базе операционной системы BioLinux 8.0. При построении дендрограммы применяли метод Maximum Likelihood, программу PhyML 3.1 и модель HKY85. Результаты и обсуждение. Исследованные штаммы из Аксайского высокогорного и Прибалхашского пустынного очагов имели свойственные виду Y. pseudotuberculosis характеристики, были прототрофами и не содержали плазмиды pYV. По данным филогенетического анализа на основе выявленных 109 641 коровых SNPs они близкородственны штаммам псевдотуберкулезного микроба из Сарыджазского высокогорного очага в Кыргызской Республике и Республике Казахстан, а также штамму серовара О :3 из Туркменистана. Кластер этих центральноазиатских штаммов на филогенетическом дереве Y. pseudotuberculosis локализован рядом со штаммами псевдотуберкулезного микроба серовара О :3 из различных регионов мира. Полученные результаты доказывают циркуляцию на территории природных очагов чумы Центральной Азии отдельной филогеографической популяции Y. pseudotuberculosis. Охарактеризованные штаммы Y. pseudotuberculosis и их полногеномные последовательности могут использоваться в качестве референсных для Аксайского и Прибалхашского природных очагов чумы Центральной Азии.