Научная публикация

00:00
Голос Науки
Голос Науки
...
Статья в журнале
Окт, 2024

Генетическое разнообразие и филогенетическое родство штаммов Vibrio cholerae R-варианта

Подойницына О.А., Миронова Л.В., Кругликов В.Д., Федотова И.С., Галачьянц Ю.П., Водопьянов А.С., Левченко Д.А., Темякова С.Ю., Басов Е.А., Пономарева А.С., Носков А.К.

DOI: 10.21055/0370-1069-2024-3-144-153

Аннотация

Среди холерных вибрионов, выделяемых из поверхностных водоемов в процессе мониторинга, встречаются штаммы, отклоняющиеся от типичных по признаку агглютинабельности диагностическими холерными сыворотками, что затрудняет отнесение их к той или иной серогруппе. Поэтому актуальной задачей представляется выявление причин этих отклонений путем изучения структуры генетических детерминант, ответственных за синтез О-антигена (wb* кластеров). Цель работы – идентификация wb* кластеров в геномах Vibrio cholerae R-варианта, изучение их структуры и проведение филогенетического анализа данных штаммов. Материалы и методы. Проведено полногеномное секвенирование (платформы Illumina MiSeq и MinION). Cборка осуществлялась de novo программой-сборщиком SPAdes (v.3.11.1). Манипуляции с последовательностями кластеров и визуализация данных проводились с помощью программы BLAST из пакета ncbi-blast-suite версии 2.13.0, скриптов на языке Python и пакетов pyGenomeViz, Biopython. Филогенетическое дерево построено с использованием программы roary (v.3.13.0). Полногеномное выравнивание проводилось программами nucmer и promer из пакета MUMmer 4 версии 4.0. Результаты и обсуждение. У штаммов холерного вибриона R-варианта установлено наличие в геноме wb* кластеров разных типов, среди которых наиболее часто встречались О23 и О59. Проведено сравнение транслированных аминокислотных последовательностей wb* регионов штаммов R-варианта с аминокислотными последовательностями представленных в базе данных NCBI референсных штаммов. Часть рассмотренных кластеров полностью совпадала с референсными. Для других установлена высокая вариабельность. Филогенетически штаммы группировались преимущественно в соответствии с типом wb* кластера, вне зависимости от S/R-фенотипа. Штаммы V. cholerae R-варианта сложно систематизировать по признаку агглютинабельности, и для определения их патогенного потенциала необходимо использовать молекулярные методы исследования, в частности полимеразную цепную реакцию.

Полный текст: https://journal.microbe.ru/jour/article/view/2053
ИнфоАвторыОбсуждения

Рекомендуем изучить

Логотип "Голос Науки"


Поддержать проект
Спонсор
* не является рекламой
Основное меню

Категории

    Регистрация
    Информация
    Дата публикации: 2 Окт, 2024Кол-во просмотров: 22
    Полный текст: journal.microbe.ru
    Для цитирования:

    Подойницына О.А., Миронова Л.В., Кругликов В.Д., Федотова И.С., Галачьянц Ю.П., Водопьянов А.С., Левченко Д.А., Темякова С.Ю., Басов Е.А., Пономарева А.С., Носков А.К. Генетическое разнообразие и филогенетическое родство штаммов Vibrio cholerae R-варианта // Проблемы особо опасных инфекций. – 2024. – № 3. – С. 144-153. https://doi.org/10.21055/0370-1069-2024-3-144-153

    скопировано
    Проблемы особо опасных инфекций
    Научный журнал

    Закрепленное