Молекулярная идентификация штаммов Yersinia pestis , выделенных в Аксайском высокогорном очаге Кыргызской Республики в 2024 г.
Аннотация
Аксайский высокогорный очаг входит в состав Тянь-Шаньского очага, который в последнее время проявляет постоянную эпизоотическую активность. В 2024 г. в Аксайском очаге впервые в XXI в. выделены культуры Yersinia pestis. Цель исследования – молекулярная идентификация штаммов Y. pestis, полученных в Аксайском очаге в 2024 г., их филогенетический анализ для установления происхождения и получение полногеномных последовательностей, референсных для этого очага в современный период. Материалы и методы. Геномы штаммов Y. pestis секвенировали на генетическом анализаторе MinIon (Oxford Nanopore Technologies, Великобритания). Библиотеки для секвенирования готовили с помощью набора Native Barcoding Kit 24 v14 (SQK-NBD114.24) и секвенировали на проточной ячейке R10.4.1. Коровые SNPs выявляли путем попарного выравнивания полученных полногеномных последовательностей на геном штамма Y. pestis CO92 с помощью программы Snippy v4.6.0. Дендрограмму Maximum Likelihood строили с применением PhyML 3.1. Результаты и обсуждение. По данным филогенетического анализа полногеномных последовательностей установлена принадлежность штаммов Y. pestis, полученных в 2024 г. в Аксайском очаге, к филогенетической ветви 0.ANT3 античного биовара. Штаммы Y. pestis 2024 г. принадлежат к политомии 0.ANT3, к которой также относятся все штаммы 0.ANT3 XX в. из Аксайского, Верхненарынского и Алайского высокогорных очагов и штаммы из провинции Синьцзян в Китае. Генетические отличия между штаммами 0.ANT3 текущего и прошлого века невелики, что доказывает непрерывность сохранения этой популяции в XX–XXI вв. и местном происхождении штаммов 2024 г. Штаммы 0.ANT3 были ранее выделены на значительных территориях Верхненарынского, Аксайского, Алайского очагов чумы и на сопредельных территориях Китая, что свидетельствует о существовании здесь мегаочага 0.ANT3 Y. pestis. Штаммы 0.ANT3 высоковирулентны и эпидемически значимы. Активизация Аксайского природного очага чумы требует усиления эпидемиологического надзора за этим автономным очагом чумы Тянь-Шаня.
