Научная публикация

00:00
Голос Науки
Голос Науки
...
Статья в журнале
Дек, 2024

Генотипирование штаммов Yersinia pseudotuberculosis , выделенных на территории России, с помощью MLST

Мелоян М.Г., Водопьянов А.С., Воскресенская Е.А., Писанов Р.В., Чеснокова М.В., Климов В.Т., Кокорина Г.И., Богумильчик Е.А., Перетолчина Н.П., Трухачев А.Л.

DOI: 10.21055/0370-1069-2024-4-107-114

Аннотация

Цель исследования – генотипирование штаммов Yersinia pseudotuberculosis, выделенных в России, с помощью мультилокусного сиквенс-типирования (MLST), сравнительный анализ результатов MLST с результатами INDEL-типирования. Материалы и методы. В работе анализировали 348 штаммов различных серотипов, выделенных в разных регионах мира, включая 59 российских штаммов. Из базы данных NCBI использовано 302 штамма. Определение нуклеотидных последовательностей штаммов проводили при использовании технологической платформы MiSeq. Для MLST-анализа применена авторская программа MLSTtyper. Результаты и обсуждение. Выяснено, что на территории России циркулируют штаммы как минимум 2, 9, 19, 26, 32, 42, 43 STтипов. Большинство изученных российских штаммов относились к ST2-типу (58 %). Филогенетический анализ, проведенный с помощью данных MLST, показал, что ряд кластеров содержат штаммы, которые циркулируют на территории России долгое время, а штаммы этих генотипов не встречаются за рубежом. Часть российских штаммов вошла в кластеры, содержащие штаммы, выделенные в различных регионах мира, и может быть отнесена к штаммам либо «азиатского», либо «европейского» типов. Данные, полученные с помощью программы MLSTtyper, совпали с данными зарубежных авторов при анализе методом MLST тех же самых штаммов. Сравнение результатов генетической дифференциации штаммов Y. pseudotuberculosis с помощью MLST и INDEL-типирования свидетельствует о том, что MLST обладает большей дискриминационной способностью, однако в ряде случаев INDEL-генотипирование позволяет дифференцировать те штаммы, которые имели один ST-генотип.

Полный текст: https://journal.microbe.ru/jour/article/view/2085
ИнфоАвторыОбсуждения

Рекомендуем изучить

Логотип "Голос Науки"


Поддержать проект
Спонсор
* не является рекламой
Основное меню

Категории

    Регистрация
    Информация
    Дата публикации: 22 Дек, 2024Кол-во просмотров: 17
    Полный текст: journal.microbe.ru
    Для цитирования:

    Мелоян М.Г., Водопьянов А.С., Воскресенская Е.А., Писанов Р.В., Чеснокова М.В., Климов В.Т., Кокорина Г.И., Богумильчик Е.А., Перетолчина Н.П., Трухачев А.Л. Генотипирование штаммов Yersinia pseudotuberculosis , выделенных на территории России, с помощью MLST // Проблемы особо опасных инфекций. – 2024. – № 4. – С. 107-114. https://doi.org/10.21055/0370-1069-2024-4-107-114

    скопировано
    Проблемы особо опасных инфекций
    Научный журнал

    Закрепленное