Пространственно-временной анализ популяции возбудителя туляремии в Ростовской области, ДНР, ЛНР и на Украине с 1943 по 2023 год

Цель исследования – пространственно-временной ретроспективный и оперативный генетический анализ популяции возбудителя туляремии в Ростовской области (РО), Донецкой (ДНР), Луганской (ЛНР) народных респуб ликах и на Украине в период с 1943 по 2023 г. Материалы и методы. Использовали штаммы Francisella tularensis, выделенные на территории РО, ДНР, ЛНР и на Украине в период с 1943 по 2023 г. VNTR-генотипирование проводили по пяти локусам. Кластерный анализ и построение филогенетического дерева проводили с использованием программы GrapeTree (алгоритмы NJ и MST). Полногеномное секвенирование осуществляли на платформе MiSeq Illumina. Сборку геномов, представленных в виде ридов, проводили с использованием программы Spades. Результаты и обсуждение. Проведен сравнительный анализ VNTR-генотипов 72 штаммов F. tularensis, из них 35 штаммов, выделенных из различных природных очагов России и, в частности, в РО с 1928 по 2023 г., 11 штаммов – из ДНР и ЛНР (2022–2023 гг.) и 26 штаммов из коллекции Ростовского-на-Дону противочумного института, изолированных на территории Украины с 1949 по 1990 г. У изученных штаммов выявлено 20 индивидуальных генотипов, распределенных по трем клональным комплексам (СС1 – СС3). Молекулярно-генетический анализ штаммов F. tularensis позволил выявить три клональных комплекса возбудителя туляремии (СС1 – СС3), циркулирующих на изученных территориях. Все они присутствуют на территории РО и только комплекс СС2 проявляет географическую приуроченность к южным районам РО. Штаммы, выделенные на территории Западной Украины до 90-х гг. прошлого столетия, принадлежат исключительно к комплексу СС3. Судя по широте распространения и разнообразию генотипов, популяция штаммов комплексов СС3 и СС1 существует на изученных территориях длительное время. Штаммы одного генотипа могут обнаруживаться в эндемичных районах в течение 80 лет и на расстоянии около 1000 км друг от друга. Напротив, популяция комплекса СС2 является самой недавней по времени происхождения и территориально ограничена территорией РО. Географические данные о происхождении клонов – предшественников клональных комплексов возбудителя туляремии СС1 и СС3 позволяют предположить расширение генетического разнообразия популяции возбудителя туляремии с востока на запад.