Встречаемость у природных штаммов туляремийного микроба генетических детерминант, ассоциированных с аттенуацией

Цель работы – определение генетических маркеров, ассоциированных с аттенуацией (делеции в RD-18, RD‑19, единичные мутации), у природных штаммов возбудителя туляремии. Материалы и методы. В работе использованы 107 штаммов Francisella tularensis из Государственной коллекции патогенных бактерий ФКУН Российский противочумный институт «Микроб» Роспотребнадзора, а также 1077 геномов F. tularensis из базы данных NCBI GenBank. Культивирование осуществляли на чашках Петри с FT-агаром (ФБУН ГНЦ ПМБ), рН 7,2, посевы инкубировали в течение 36–48 ч при температуре (37±1) °С. Сборку чернового генома осуществляли с помощью пакета программ Unicycler v.0.4.7. С использованием программы snippy v.4.6.0 получена матрица из коровых SNPs. Дендрограмму получали в программе PhyML методом Likelihood c моделью замен GTR. Результаты и обсуждение. Среди изученных штаммов туляремийного микроба выявлено 11 эритромицин-резистентных штаммов F. tularensis филогенетических групп B.12 B.24 и B.12 B.20, содержащих делеции в областях RD-18 и RD-19. Также определены эритромицин-резистентные и эритромицин-чувствительные культуры патогена групп B.12 B.24, B.12 B.20, B.12 B.39 и B.4, B.6 B.10, B.6 B.7 соответственно, имеющие делецию только в области RD-18 – 11 штаммов, и только в RD-19 – 8. Из 11 культур, имеющих делеции в обеих областях, 9 относились к филогенетической группе B.12 B.24 и формировали отдельный кластер, оставшиеся две – к B.12 B.20. Для кластера таких штаммов характерно наличие семи уникальных мутаций, ассоциированных с формированием липолисахарида, метаболизмом ароматических соединений и размножением в макрофагах. У штаммов группы B.12 B.24 выявлены три дополнительные специфичные мутации. Нами определены 29 штаммов возбудителя туляремии (вакцинные, их производные и природные), несущие в разном количестве генетические маркеры, ассоциированные с аттенуацией.