Филогеографический анализ штаммов сибиреязвенного микроба, выделенных в Центральном федеральном округе в 2023 г.

Цель работы – определить эволюционно-филогеографическое происхождение штаммов возбудителя сибирской язвы, вызвавших вспышки заболевания в Центральном федеральном округе Российской Федерации в 2023 г. Материалы и методы. Выполнено полногеномное секвенирование 13 штаммов возбудителя сибирской язвы, выделенных в Рязанской и Воронежской областях. Полногеномное секвенирование осуществляли с использованием платформ высокопроизводительного секвенирования Ion GeneStudio S5 Plus System (Life Technologies, США) и DNBSEQ-G50 (MGI, Китай). Выполнен полногеномный SNP-анализ 1245 штаммов Bacillus anthracis из 50 стран, включая 304 штамма из 44 субъектов Российской Федерации. Результаты и обсуждение. Установлено, что штаммы возбудителя сибирской язвы, выделенные на территории субъектов Центрального федерального округа в 2023 г., относятся к филогенетической ветви A.Br.117, принадлежащей к монофилетической кладе TEA Tsiankovskii. Штаммы 1394, 1395 (Рязанская область) и 1402, 1404 (Воронежская область, Панинский район) относятся к генотипу A.Br.117-2, а штаммы 1405–1420 (Воронежская область, Богучарский район) – к генотипу A.Br.117-4. Штаммы, вызвавшие случаи заболевания в Панинском районе, имеют общее происхождение со штаммами 988/717 и 546/714, выделенными на территории области в 1980–1990-х гг., а штаммы из Богучарского района филогенетически близки со штаммом 991/178, выделенным в 1991 г. в Днепропетровской области Украины. Описана максимально детализированная на данный момент топология филогенетической ветви A.Br.117, включающая четыре генотипа, для которых определены вероятные временные интервалы дивергенции и описаны особенности филогеографического распространения 165 штаммов B. anthracis. Штаммы, относящиеся к генотипу A.Br.117-1, обнаружены в Молдавии и на Украине, штаммы генотипа A.Br.117-2 преобладают на территории Центрального и Южного федеральных округов, штаммы генотипа A.Br.117-3 – в Приволжском, Южном и Северо-Кавказском федеральных округах, а штаммы генотипа A.Br.117-4 – в Северо-Кавказском и Южном федеральных округах.