Идентификация генов-кандидатов, связанных с экстерьером крупного рогатого скота голштинизированной черно-пестрой породы на основе GWAS-анализа

Проведено исследование, направленное на поиск полногеномных ассоциаций с фенотипическими признаками экстерьера у голштинизированной черно-пестрой породы крупного рогатого скота (356 быков для 42247 дочерей). В работе использована методика Союза «Мосплем», которая включает 4 признака по системе «А» и 17 признаков по системе «Б». Генотипирование проводили на основе биочипа Illumina BovineSNP50 (54609 SNPs). Поиск геновкандидатов, локализованных в области идентифицированных SNP осуществляли в базе данных NCBI по сборке генома Bos_taurus_UMD_3.1.1. Для поиска QTL и регионов под давлением отбора использовали базу данных CattleQTLdb. По системе «А» в области данных, достоверно значимых SNP идентифицировано 26 геновкандидатов, ассоциированных с изучаемыми признаками экстерьера. По системе «Б» выявлено 22 SNP, ассоциированных с признаками экстерьера. На хромосомах 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 13, 14, 15, 16, 17, 19, 20, 21, 22, 25, 26, 28 локализованы гены: ADCY5, FRYL, GOLGB1, ILDR1, ITGB5, MAPK10, SEC22A, STXBP5L, ZP2, ALDH1A2, ERGIC1, KCND2, PAPPA2, PPFIA2, PRDM16, RABGAP1L, SECISBP2, SMYD3, ANO3, DPP10, HPSE2, MAML3, PRKCE, SLCO3A1, ANTXR1, KCTD2, NCOA1, NRG3, TIGAR, VAV3, XYLT1, PRR5L, BFSP1, CDH4, HECW1, MAPKAP1, SPOCK1, SRP68, SYNJ2, DAB1, EPS8, PCDH15, PTPRR, TRPM7, TTYH2, UBR1, USP32, ANGPT1, ITCH, OSBPL10, RAI1, RGS22, SLA2, ZFHX4, BCL9, GFRA2, SLC25A12, CNNM2, IGFBP7, KALRN, MACROD2, PCSK5, UCK2, CNKSR3, CUL3, CYP27A1, RHPN1, TSNARE1, EBF1, PTCH1. Выявленные гены сопряжены с локусами количественных признаков, ассоциированных с различными показателями, которые согласуются с ранее проведенными исследованиями других авторов. Достоверность значимых ассоциаций по точечным мутациям находилась в пределах p<1,80E-08–0,0001474. Такой инструмент генетического исследования как GWAS-анализ позволяет эффективнее планировать получение особей, которые бы отвечали экономическим потребностям молочного скотоводства.