Обнаружение реассортантных штаммов Orthohantavirus puumalaense в Высокогорском районе Республики Татарстан

Цель исследования – выявление реассортантных штаммов Orthohantavirus puumalaense (PUUV), близкородственных ранее обнаруженным штаммам этого вируса у больных геморрагической лихорадкой с почечным синдромом (ГЛПС), в популяции рыжих полевок (Clethrionomys glareolus) в Республике Татарстан.

Материалы и методы. Вирусную РНК детектировали методом ОТ-ПЦР в легочной ткани рыжих полевок, отловленных в 2023–2024 гг. в Высокогорском и Пестречинском районах Республики Татарстан, и синтезировали кДНК для ОТ-ПЦР-положительных образцов. Последовательности участков S- и M-сегментов генома PUUV амплифицировали методом ПЦР, секвенировали (метод Сэнгера и по технологии Oxford Nanopore) и проводили филогенетический анализ.

Результаты и обсуждение. Установлено, что 14 штаммов PUUV, выявленных у рыжих полевок из четырех точек отлова, можно объединить в три кластера. У двух штаммов из окрестностей поселка Киндери (кластер 2) обнаружен реассортантный геном: S-сегмент близкородственен штаммам из Высокогорского района (идентичность нуклеотидных последовательностей – 99,1–100,0 %), M-сегмент – штаммам из Пестречинского района (96,3–97,0 %). Данные штаммы вируса генетически близки к реассортантам, ранее обнаруженным у больных ГЛПС, инфицированных PUUV в Высокогорском районе Республики Татарстан. Выявленные поблизости от п. Киндери штаммы PUUV имеют, по всей видимости, реассортантное происхождение.