Определение породоспецифичных SNP для генетической оценки дифференциации коммерческих пород свиней
Аннотация
Выявление специфических генетических маркеров, определяющих межпородные различия и «подписи селекции» в коммерческих породах свиней, позволит разработать более эффективные стратегии направленной селекции и улучшения генетического потенциала животных. Цель исследований – анализ полногеномных данных пяти коммерческих пород свиней с использованием метода индексной фиксации (FST) для выявления маркеров, характеризующих межпородную дифференциацию, а также оценка внутрипородной стратификации, обусловленной селекционным отбором. Особое внимание уделено выявлению потенциальных «подписей селекции», специфичных для каждой из пород. Проведена оценка генетической дифференциации между коммерческими породами свиней (дюрок, беркшир, пьетрен, гемпшир, ландрас) с использованием FST, рассчитанного на основе данных полногеномного генотипирования по однонуклеотидным полиморфизмам (SNP). Установлен умеренный уровень межпородных различий с наибольшими значениями FST для пар дюрок – беркшир (0,19), дюрок – пьетрен (0,18) и дюрок – ландрас (0,17); наименьшие различия отмечены между парой пьетрен – ландрас (0,14). Анализ распределения FST по геному позволил выделить высокодифференцированные SNP (выше 99-го квантиля), число которых варьировало от 126 до 167. Наибольшее их скопление зафиксировано на хромосомах SSC1, SSC13, SSC4 и SSC6, что указывает на наличие селективных «горячих точек», вероятно вовлечённых в регуляцию продуктивных и адаптивных признаков. Установлен ряд SNP, демонстрирующих повторяемость в нескольких межпородных сравнениях, что подчёркивает их породную специфичность и потенциальную функциональную значимость. Функциональная аннотация показала, что эти SNP локализованы в пределах генов, включая PCDHB7 и PPP2R2B, характеризующихся тканеспецифичной экспрессией в мышечной и жировой тканях, и вовлечённых в регуляцию метаболических процессов. Особый интерес представляет SNP ASGA0079413 в области гена TFEC, обнаруженный у породы ландрас. Учитывая его роль в дифференцировке пигментных клеток, предполагается его участие в формировании белой масти и в иммунных, и метаболических функциях.
