Эволюция и географическое распространение Brucella melitensis генетической линии II на территории Российской Федерации

Цель работы – филогеографический и эволюционный анализ штаммов Brucella melitensis генетической линии II, выделенных на территории Российской Федерации, в контексте изучения глобальной популяции вида.

Материалы и методы. В исследовании использовали 282 штамма B. melitensis из коллекции патогенных микроорганизмов ФКУЗ Ставропольский противочумный институт Роспотребнадзора. Полногеномное секвенирование осуществляли с помощью секвенатора DNBSEQ G50RS (MGI, Китай) с использованием набора реагентов MGIEasy FAST FS DNA Library Prep Set V2.1 (MGI, Китай) по стандартному протоколу. Эволюционный и филогеографический анализ проводили на базе программного пакета BEAST v2.7.5.

Результаты и обсуждение. Установлено, что штаммы B. melitensis в Российской Федерации принадлежат к четырем субгенотипам генетической линии II, дивергировавшей предположительно в XVI в.: IIb, IIg, IIh и IIi. Единичные случаи выявления в России изолятов субгенотипов IIb и IIg указывают на завоз инфекции из стран Ближнего Востока. Субгенотип IIh распространен в Сибири, Монголии, Китае и Казахстане. Варианты наиболее представительного и генетически гетерогенного субгенотипа IIi циркулируют на обширной территории от Северного Кавказа до Северного Китая и, как правило, выделяются в ходе эпидемиологических расследований вспышек бруцеллеза в европейской части страны. Полученные результаты указывают на перспективу использования полногеномного SNP-анализа как эффективного инструмента для своевременного выявления неэндемичных или атипичных вариантов возбудителя бруцеллеза в ходе геномного профилирования отдельных регионов.