Новые и редкие патогены: идентификация штамма Pseudoxanthomonas kaohsiungensis

Обоснование. Представители рода Pseudoxanthomonas, ранее преимущественно выделяемые из разных загрязненных почв, в настоящее время описываются как новый оппортунистический патоген человека.

Цель исследования. Биологическая характеристика, филогенетический анализ и определение белкового спектра для идентификации штамма P. kaohsiungensis, потенциально нового и редкого патогена человека.

Материалы и методы. Объектом исследования стал штамм P. kaohsiungensis IMB-1, выделенный от ребенка, который проходил лечение в стационаре городского уровня. Выделение и культивирование штамма проводили на кровяном агаре. Изучали морфо-биохимические свойства. Для идентификации использовали рибосомную филогению; дополнительно получали белковые спектры с помощью MALDI-TOF масс-спектрометрии.

Результаты. Со среды обогащения из образца ликвора были изолированы мелкие серые колонии. Морфология клеток – грамотрицательные палочки, оксидазо- и каталазо-положительные. Идентификация с помощью тест-системы NEFERMtest 24 не дала однозначный результат. Культура была чувствительна при повышенном режиме дозирования к триметоприму-сульфаметоксазолу. Белковый спектр с низкой степенью оценки и сходимостью показал первичную идентификацию как Stenotrophomonas maltophilia. По результатам секвенирования по Сэнгеру была собрана последовательность гена 16S рРНК. Первичная идентификация по базе данных NCBI выявила максимальную гомологию с типовым штаммом P. kaohsiungensis J36, которая составила 99,8 %. Белковые спектры, полученные с помощью MALDI-TOF масс-спектрометрии, были обработаны с использованием специализированного программного обеспечения Microbe Analysis и сформирован референсный белковый профиль для идентификации штаммов вида P. kaohsiungensis.

Заключение. Трудности в бактериологической идентификации клинических значимых новых штаммов бактерий, отсутствие референсных белковых спектров в базах данных подтверждают золотой стандарт молекулярных методов секвенирования и рибосомной филогении для точной идентификации и характеристики патогена. Полученные результаты подчеркивают острую необходимость в усилении геномного мониторинга и обновлении баз данных для быстрой идентификации условных патогенов.