Уточнение систематического положения представителя рода Escherichia , выделенного из почвы

Цель работы – изучение фенотипических и генетических свойств Escherichia marmotae и филогенетических взаимоотношений с ранее описанными штаммами данного вида.
Материалы и методы. Культуры микроорганизмов выращивали на агаре LB при 37 °С. Определяли биохимическую (API 20 E), каталазную, оксидазную и гемолитическую активность. Оценку чувствительности к антимикробным препаратам проводили дискодиффузионным методом. Подтверждение видовой идентификации осуществляли методом MALDI-TOF MS. На платформе MGI выполняли полногеномное секвенирование и последующий SNP-анализ.
Результаты и обсуждение. Исследуемый штамм имеет следующие характеристики: грамотрицательные короткие слабоподвижные палочки; на среде Эндо формирует мелкие, ярко-малиновые с металлическим блеском колонии, на кровяном агаре – γ-гемолиз; оксидазоотрицательный, каталазоположительный. В геноме присутствует ряд важных маркеров, определяющих патогенность: сидерофоры, фактор вирулентности virK, фимбрии I типа, yad-фимбрии, амилоидные белки curli, гены системы секреции 3-го типа. Выявлена фенотипическая резистентность к цефиксиму, имипенему, гентамицину, тобрамицину, амикацину. Генетически штамм наиболее близок к изоляту, выделенному в Китае в 2012 г., и не имеет близкого родства со штаммами, выделенными на территории РФ в 2021 г. Филогеномный анализ штаммов E. marmotae показал дисперсную структуру изолятов различного происхождения, без четких закономерностей относительно географического происхождения или принадлежности к определенным видам животных. Таким образом, штаммы вида E. marmotae являются практически неотличимыми по фенотипическим признакам от Escherichia coli. Надежная идентификация штаммов E. marmotae возможна с помощью MALDI-TOF MS, секвенирования 16S рРНК или полного генома.