Вариабельность генов omp25 и omp2a у штаммов бруцелл различного таксономического положения

Цель исследования – выявление структурных отличий в генах бруцелл omp25 и omp2a, позволяющих определять их таксономическое положение.

Материалы и методы. Объектами исследования служили нуклеотидные последовательности полных геномов 48 штаммов бруцелл, представленных в базе данных GenBank NCBI. Для оценки гомологии последовательностей использовали алгоритм BLAST и программу MEGA 11.

Результаты и обсуждение. У 13 видов бруцелл и Brucella spp. с неустановленной видовой принадлежностью воспроизведены in silico рестрикционные профили HindIII, EcoRV и EcoRI, AluI участков генома, включающих соответственно гены omp25 и оmp2a, фланкированные праймерами 25А-25B и 2AB-2AA. В гене omp25 выявлено 11 несинонимичных и 24 синонимичные мутации; две делеции: ∆103–108 п.н. – у В. nosferati, ∆562–597 п.н. – у В. ovis; вставка ACT после 585 п.н. – у В. vulpis. Вариабельность гена omp2a у изученных штаммов бруцелл была значительно выше. Выявлены 138 SNPs, из них 60 приводят к замене аминокислот, две формируют стоп-кодоны, дополнительно одна делеция ∆424–561 п.н. – у В. abortus 1, 2, 4-го биоваров. Единичные мутации в генах omp2a и omp25 имели как групповую специфичность – для нескольких видов, так и уникальную – для определенного вида или биовара патогена. Аллельные профили генов omp25 и omp2a обладают большей разрешающей способностью, чем изученные их рестрикционные профили. Выявленные изменения в структуре генов omp25 и omp2a коррелируют с циркуляцией отдельных видов и биоваров бруцелл в организме определенных носителей. В указанных генах показано наличие делеций, вставок и единичных полиморфных нуклеотидов, специфичных для видов, групп видов и в ряде случаев – биоваров патогена.