Сравнительный молекулярно-генетический анализ штаммов Francisella tularensis, изолированных в Ростовской области в 2020 г., и последовательностей геномов штаммов, выделенных в различных регионах мира
Аннотация
В 2020 г. при проведении эпизоотологического мониторинга в очаге степного типа на юго-востоке Ростовской области на фоне разлитой эпизоотии в популяциях обыкновенной полевки Microtus arvalis obscurus и общественной полевки Microtus socialis изолировано шесть культур туляремийного микроба от павших и отловленных живыми животных.
Цель работы состояла в разработке схемы SNP-типирования и сравнительном изучении филогенетических связей штаммов Francisella tularensis, изолированных в Ростовской области (2020 г.), со штаммами из других регионов.
Материалы и методы. Полногеномное секвенирование проводили на платформе MiSeq Illumina. Для анализа применяли авторское программное обеспечение GeneExpert, PrimerM и VirtualPCR, написанное на языке программирования Java.
Результаты и обсуждение. Штаммы возбудителя туляремии, выделенные на территории Ростовской области в 2020 г., можно распределить между двумя различными кластерами. Установлено, что два штамма возбудителя туляремии (F0884 и F0889), выделенные на территории Турции, генетически близки к некоторым изолятам, циркулирующим в Ростовской области. Выявлен уникальный INDEL-маркер, характерный для данной группы штаммов. Проведенное сравнение предлагаемой нами схемы типирования со схемой «канонических» SNP показало довольно хорошее схождение результатов в пределах больших кластеров, при этом использование набора из 6626 SNP позволяет дифференцировать штаммы внутри одного canSNP-типа. Выявлено, что вакцинный штамм имеет общий canSNP-тип с клиническими и природными штаммами. Подобран набор SNP-маркеров для проведения сравнительного анализа. Обнаружен новый INDEL-маркер, позволяющий проводить внутривидовое типирование F. tularensis, и доказана возможность его использования in vitro и in silico.
Авторы
Описание недоступно
Автор еще не стал участником
Описание недоступно
Автор еще не стал участником
Описание недоступно
Автор еще не стал участником
Описание недоступно
Автор еще не стал участником
Описание недоступно
Автор еще не стал участником
Описание недоступно
Автор еще не стал участником
Описание недоступно
Автор еще не стал участником
Описание недоступно
Автор еще не стал участником