Научная публикация

00:00
Голос Науки
Голос Науки
...
Статья в журнале
Окт, 2023

Сравнительный молекулярно-генетический анализ штаммов Francisella tularensis, изолированных в Ростовской области в 2020 г., и последовательностей геномов штаммов, выделенных в различных регионах мира

Водопьянов А.С., Писанов Р.В., Водопьянов С.О., Цимбалистова М.В., Пичурина Н.Л., Сорокин В.М., Павлович Н.В., Носков А.К.

PDF
DOI: 10.21055/0370-1069-2023-3-59-65

Аннотация

В 2020 г. при проведении эпизоотологического мониторинга в очаге степного типа на юго-востоке Ростовской области на фоне разлитой эпизоотии в популяциях обыкновенной полевки Microtus arvalis obscurus и общественной полевки Microtus socialis изолировано шесть культур туляремийного микроба от павших и отловленных живыми животных.

Цель работы состояла в разработке схемы SNP-типирования и сравнительном изучении филогенетических связей штаммов Francisella tularensis, изолированных в Ростовской области (2020 г.), со штаммами из других регионов.

Материалы и методы. Полногеномное секвенирование проводили на платформе MiSeq Illumina. Для анализа применяли авторское программное обеспечение GeneExpert, PrimerM и VirtualPCR, написанное на языке программирования Java.

Результаты и обсуждение. Штаммы возбудителя туляремии, выделенные на территории Ростовской области в 2020 г., можно распределить между двумя различными кластерами. Установлено, что два штамма возбудителя туляремии (F0884 и F0889), выделенные на территории Турции, генетически близки к некоторым изолятам, циркулирующим в Ростовской области. Выявлен уникальный INDEL-маркер, характерный для данной группы штаммов. Проведенное сравнение предлагаемой нами схемы типирования со схемой «канонических» SNP показало довольно хорошее схождение результатов в пределах больших кластеров, при этом использование набора из 6626 SNP позволяет дифференцировать штаммы внутри одного canSNP-типа. Выявлено, что вакцинный штамм имеет общий canSNP-тип с клиническими и природными штаммами. Подобран набор SNP-маркеров для проведения сравнительного анализа. Обнаружен новый INDEL-маркер, позволяющий проводить внутривидовое типирование F. tularensis, и доказана возможность его использования in vitro и in silico.

Полный текст: https://journal.microbe.ru/jour/article/view/1855
ИнфоАвторыИнтервью автораОбсуждения

Авторы

Водопьянов А.С.

Описание недоступно

Автор еще не стал участником

Писанов Р.В.

Описание недоступно

Автор еще не стал участником

Водопьянов С.О.

Описание недоступно

Автор еще не стал участником

Цимбалистова М.В.

Описание недоступно

Автор еще не стал участником

Пичурина Н.Л.

Описание недоступно

Автор еще не стал участником

Сорокин В.М.

Описание недоступно

Автор еще не стал участником

Павлович Н.В.

Описание недоступно

Автор еще не стал участником

Носков А.К.

Описание недоступно

Автор еще не стал участником

Показаны все результаты
Логотип "Голос Науки"
Спонсор
* не является рекламой
Регистрация
Проблемы особо опасных инфекций
Научный журнал
Для цитирования:
скопировано