Генотипическая характеристика клональных комплексов CTX–VPI+ Vibrio cholerae О1, обнаруживаемых в водоемах Ростовской области

Цель работы – выявление генотипических особенностей клональных комплексов, образуемых CTX–VPI+ штаммами холерных вибрионов, выделенными в разные годы из водоемов Ростовской области, на основе биоинформационного анализа их полногеномных сиквенсов (WGSs).Материалы и методы.&nbsp;Полногеномное секвенирование выполняли на платформе MiSeq (Illumina), идентификацию в WGSs генетических детерминант и биоинформационный анализ – с использованием программ BioEdit, BLASTN, BLASTP, CARD, Vector NTI.Результаты и обсуждение.&nbsp;В каждой группе изолятов 2002, 2005, 2007, 2020, 2021, 2022 гг. штаммы были практически идентичными и обнаруживались в разных точках отбора проб воды в течение более или менее длительных периодов (от 3 недель до 2 месяцев). Биоинформационный анализ WGSs представителей этих групп показал их разделение на 4 кластера, которые можно рассматривать как отдельные клональные комплексы, отличающиеся рядом характерных генетических маркеров: 1) изоляты 2002 г., содержащие один SNP в регуляторном гене&nbsp;rpoS; 2) штаммы 2007 г., несущие тандемно дуплицированный профаг preCTX; 3) штаммы, выделенные в 2020 г. в Ростове-на-Дону и в 2005 г. во время эпидосложнений в Каменском районе Ростовской области, которые имели «гибридный» остров патогенности, включающий кластер системы секреции 3-го типа и&nbsp;nan-nag-область острова VPI-2, а в гене&nbsp;rpoS&nbsp;присутствовало 9 SNP; 4) штаммы 2021 и 2022 гг. и единичный изолят 2018 г., содержащие делецию 9 п.н. в гене коллагеназы&nbsp;vchC. Несмотря на выявленные различия, представители всех клональных комплексов обладали достаточными наборами интактных детерминант факторов патогенности/персистенции для реализации вирулентных свойств и для обеспечения способности к выживанию в водоемах. Обнаружение в поверхностных водоемах клональных комплексов потенциально патогенных штаммов свидетельствует о периодическом создании благоприятных условий для их продолжительной циркуляции, что подчеркивает значимость постоянного мониторинга за холерными вибрионами на территории России.

Проблемы особо опасных инфекций

Vibrio cholerae

 клональные комплексы

 полногеномное секвенирование

 биоинформационный анализ

 факторы патогенности/персистенции

Цель работы – выявление генотипических особенностей клональных комплексов, образуемых CTX–VPI+ штаммами холерных вибрионов, выделенными в разные годы из водоемов Ростовской...

Генотипическая характеристика клональных комплексов CTX–VPI+ Vibrio cholerae О1, обнаруживаемых в водоемах Ростовской области

Авторы

Монахова Е.В.

Носков А.К.

Кругликов В.Д.

Водопьянов А.С.

Селянская Н.А.

Меньшикова Е.А.

Ежова М.И.

Рекомендуем изучить