Выявление генетического материала вирусов Tacheng uukuvirus и Sara tick phlebovirus в таежных клещах Свердловской, Томской областей и Приморского края России и их филогения

Широкое распространение заболеваний, передающихся клещами, представляет значительную проблему для общественного здравоохранения и здоровья населения, проживающего в эндемичных районах.

Цель работы – с использованием метода высокопроизводительного секвенирования провести поиск, анализ генетического материала и идентификацию новых вирусных агентов семейства Phenuiviridae в иксодовых клещах, собранных в различных регионах азиатской части России.

Материалы и методы. В исследовании использованы 1460 таежных клещей, собранных в пригородных районах Томска, Екатеринбурга и в Приморском крае. Генетический материал, выделенный из клещей, анализировали методом высокопроизводительного секвенирования с использованием технологии Illumina с последующим филогенетическим анализом.

Результаты и обсуждение. Анализ результатов секвенирования позволил обнаружить протяженные нуклеотидные последовательности L-гена, характерного для вирусов семейства Phenuiviridae. Удалось идентифицировать 20 нуклеотидных последовательностей длиной в среднем 250 п.н. в гомогенатах клещей Ixodes persulcatus. Восемнадцать изолятов идентифицированы как представители рода Uukuvirus и два изолята отнесены к роду Phlebovirus семейства Phenuiviridae. Филогенетический анализ показал, что все изоляты рода Uukuvirus кластеризуются с Tacheng tick virus 2, который относится к виду Tacheng uukuvirus. Они формируют отдельную филогенетическую группу этого вида вируса, близкую к двум румынским вариантам 2019 г. Генетический материал Tacheng tick virus 2 обнаружен во всех трех исследованных регионах азиатской части России. Два томских изолята флебовируса классифицированы как Sara tick phlebovirus. При этом они кластеризовались с двумя изолятами флебовирусов из Карелии. Таким образом, в клещах I. persulcatus, собранных в трех географически различных регионах азиатской части России, обнаружен генетический материал Tacheng tick virus 2 и Sara tick phlebovirus, относящийся к двум родам семейства Phenuiviridae.