Оценка аналитических возможностей MALDI-TOF масс-спектрометрии при молекулярном типировании Bacillus anthracis

Цель исследования – сравнить дискриминирующую способность методов сanSNP13-генотипирования и MALDI-TOF масс-спектрометрии на основании результатов исследования штаммов возбудителя сибирской язвы, принадлежащих к двум основным генетическим линиям А и В.Материалы и методы.&nbsp;Исследовано 73 штамма&nbsp;Bacillus anthracis&nbsp;из коллекции микроорганизмов ФКУЗ Ставропольский противочумный институт Роспотребнадзора. Белковое профилирование проводили на масс-спектрометре Microflex, анализ данных – в среде языка статистического программирования R.Результаты и обсуждение.&nbsp;Экспериментально подтверждено, что предлагаемый подход для дифференциации протеотипов штаммов&nbsp;B. anthracis&nbsp;с индексом дискриминации 0,952 превышает таковой для метода canSNP-типирования и сопоставим с индексом дискриминации для метода MLVA31. Корреляция результатов кластеризации штаммов при типировании методами MALDI-TOF масс-спектрометрии и canSNP-генотипирования достигает 95 % в отношении разделения на главные генетические линии A и B. Изученные штаммы сибиреязвенного микроба, относящиеся в большинстве случаев к филогенетическим группам линии А, представляют собой более десятка белковых профилей, что может быть связано с различиями в уровне экспрессии белков у штаммов каждого canSNP-генотипа. MALDI-TOF масс-спектрометрия позволяет получить сопоставимые с генетическими тестами результаты, имеет лучшую дискриминирующую способность по сравнению с canSNP-типированием, более проста в выполнении.

Проблемы особо опасных инфекций

Bacillus anthracis

MALDI-TOF MS

белковое профилирование

Цель исследования – сравнить дискриминирующую способность методов сanSNP13-генотипирования и MALDI-TOF масс-спектрометрии на основании результатов исследования штаммов возб...

Оценка аналитических возможностей MALDI-TOF масс-спектрометрии при молекулярном типировании Bacillus anthracis

Авторы

Ульшина Д.В.

Ковалев Д.А.

Еременко Е.И.

Семенова О.В.

Рязанова А.Г.

Бобрышева О.В.

Жиров А.М.

Куличенко А.Н.

Рекомендуем изучить