SNP-профили штаммов  Yersinia pestis  средневекового биовара из очагов чумы Прикаспия

Метод SNP-типирования, основанный на выявлении в геноме стабильных генетических маркеров – однонуклеотидных полиморфизмов, успешно применяется для генотипирования патогенных микроорганизмов и может быть использован для SNP-профилирования штаммов Yersinia pestis и проведения молекулярно-генетической паспортизации очаговых территорий. Цель работы – определение SNP-профилей штаммов Y. pestis средневекового биовара, выделенных в очагах чумы Прикаспия в 1912–2015 гг., и разработка способа идентификации уникальных SNPs методом секвенирования по Сэнгеру для проведения молекулярно-генетической паспортизации этих территорий. Материалы и методы. Проведено комплексное исследование фенотипических и генотипических свойств 190 штаммов Y. pestis из очагов чумы Прикаспийского региона. Филогенетическая реконструкция методом максимального правдоподобия (Maximum Likelihood, модель GTR) в программе SeaView 5.0.4 выполнена на основе 1621 SNPs, идентифицированных среди 50 штаммов Y. pestis по данным WG-SNP-анализа в программе snippy 4.6. Расчет праймеров для ПЦР -амплификации отобранных в кандидаты-мишени SNP-локусов проводили в программе Vector NTI. Секвенирование локусов SNPs по Сэнгеру осуществлялось на генетическом анализаторе ABI PRISM 3500XL (Applied Biosystems, США). Результаты и обсуждение. Все исследованные штаммы из очагов Прикаспия по фенотипическим характеристикам относились к высоковирулентному и эпидемически значимому средневековому биовару основного подвида Y. pestis. По результатам WG-SNP-анализа определено 9 SNP-генотипов, основанных на полиморфизме единичных нуклеотидов 24 генов, характерных для ключевых филопопуляций, в которые входят штаммы, выделенные в различные периоды эпидемической и эпизоотической активности в очагах Прикаспия. Установление SNP-генотипов штаммов средневекового биовара Y. pestis, полученных более чем за столетний период в очагах Прикаспийского региона, создает предпосылки для определения их канонического SNP-профиля (canSNP) и для разработки алгоритма молекулярно-эпидемиологического мониторинга очагов, в которых циркулирует этот высоковирулентный биовар.

Проблемы особо опасных инфекций

чума

SNPs

генотипирование

природные очаги

Метод SNP-типирования, основанный на выявлении в геноме стабильных генетических маркеров – однонуклеотидных полиморфизмов, успешно применяется для генотипирования патогенны...

SNP-профили штаммов Yersinia pestis средневекового биовара из очагов чумы Прикаспия

Авторы

Балыкова А.Н.

Куклева Л.М.

Горюнова П.А.

Шевченко К.С.

Коврижников А.В.

Краснов Я.М.

Червякова Н.С.

Ерошенко Г.А.

Кутырев В.В.

Рекомендуем изучить