INDEL-типирование штаммов Yersinia pseudotuberculosis

Цель исследования – разработка нового способа внутривидовой генетической дифференциации Yersinia pseudotuberculosis, основанного на выявлении INDEL-маркеров с помощью ПЦР . Материалы и методы. Проведен анализ 308 штаммов из базы данных NCBI и 15 штаммов, секвенированных в настоящем исследовании. Определение нуклеотидных последовательностей штаммов осуществили при использовании технологической платформы MiSeq. Анализ геномов секвенированных штаммов, а также геномов из базы данных NCBI выполнили с помощью ПЦР in silico с 7 парами сконструированных праймеров. Результаты и обсуждение. В результате сравнения с помощью авторского программного обеспечения (GenExpert) полногеномных последовательностей 22 штаммов Y. pseudotuberculosis из базы данных NCBI отобрано 7 INDEL-маркеров, позволяющих эффективно различать штаммы возбудителя псевдотуберкулеза. На основе этих маркеров сконструированы и синтезированы 7 пар праймеров для анализа разных штаммов с помощью ПЦР . Анализ 323 штаммов в ПЦР in silico и 70 штаммов в ПЦР in vitro позволил разделить их на 30 генетических групп. Сопоставление результатов ПЦР in silico и in vitro подтвердило возможность использования предложенных праймеров для внутривидовой дифференциации Y. pseudotuberculosis. На основе полученных данных построена дендрограмма, отражающая филогенетические связи разных штаммов Y. pseudotuberculosis. Выявлен ряд закономерностей при анализе распределения штаммов Y. pseudotuberculosis по различным кластерам и генетическим группам. Показано, что предложенный способ INDEL-типирования может быть использован для внутривидовой генетической дифференциации возбудителя псевдотуберкулеза.