Определение тропизма ВИЧ у лиц с вирусологической неэффективностью антиретровирусной терапии в Архангельской области

Цель работы – определение на основании анализа нуклеотидной последовательности V3‑петли гена env тропизма ВИЧ у пациентов с вирусологической неэффективностью антиретровирусной терапии в Архангельской области.

Материалы и методы. Материалом исследования служили образцы плазмы крови 76 ВИЧ-инфицированных лиц с вирусологической неэффективностью антиретровирусной терапии. Методом ПЦР с последующим секвенированием исследовали нуклеотидную последовательность региона C2-V3-C3 гена env ВИЧ. Определение генотипа исследуемых штаммов проводили на основании анализа их филогенетических отношений с референсными последовательностями из международной базы данных GenBank, а также с использованием специализированных программ. Для прогнозирования вирусного тропизма применяли правило Гарридо и биоинформатический онлайн-инструмент Geno2Pheno[coreceptor], который на основании анализа нуклеотидной последовательности V3‑петли гена env определяет коэффициент отсечения ложноположительных результатов (false positive rate – FPR).

Результаты и обсуждение. Показана более низкая представленность R5X4/X4-тропных вариантов ВИЧ у длительное время инфицированных лиц с вирусом субсубтипа А6 по сравнению с вирусом субтипа В. Для всех алгоритмов отсечения FPR наблюдали достоверную корреляцию между субтипом и тропизмом ВИЧ (p=0,0014 и p=0,013 для FPR 10 % и FPR 20 % соответственно). В то время как среди штаммов субтипа B по меньшей мере 57 % определены как R5X4/X4-тропные варианты (для FPR 10 %), в том числе два штамма отнесены к X4-тропным, среди ВИЧ субсубтипа А6 даже при FPR 20 % частота R5X4/X4-тропных образцов лишь незначительно превышала 22 %. Можно предположить, что динамика изменения тропности ВИЧ зависит от субтипа вируса. Показаны достоверные отличия распределения аминокислотных остатков последовательности V3-региона в обследуемой группе между R5-тропными и R5X4/X4-тропными штаммами субсубтипа А6 для позиций 18 (χ2=7,616, p=0,0058), 21 (χ2=7,281, p=0,007), 24 (χ2=5,587, p=0,0181) и 34 (χ2=5,144, p=0,0233). Среди R5X4/X4-тропных штаммов субсубтипа А6 представлены аминокислотные замены в позициях 6, 19, 21, 26, 29, 30, не обнаруженные у R5-тропных штаммов А6. Высокая частота встречаемости ряда мутаций, ранее описанных как связанные с устойчивостью к маравироку и подобным ему препаратам, может свидетельствовать о характерном для субсубтипа А6 естественном полиморфизме, не имеющем корреляции с резистентностью к антагонистам корецептора CCR5.