Детекция Bacillus anthracis по генам профага lambda_Ba03 посредством ПЦР в реальном времени
Аннотация
Цель исследования – разработка набора праймеров и флуоресцентных зондов для детекции двух хромосомных мишеней Bacillus anthracis методом ПЦР в реальном времени на основе генов профага lambda_Ba03.
Материалы и методы. При BLAST-анализе хромосомной ДНК B. anthracis в качестве мишеней определены два гена профага lambdaBa03: BA_5358 (AE016879.1: 4852332..4853642) и BA_5361 (AE016879.1: 4855298..4856278). Разработанные праймеры и флуоресцентные гидролизуемые пробы TaqMan для одновременной детекции хромосомной ДНК B. anthracis по двум указанным генам проверены в реакциях ПЦР в реальном времени на чувствительность и специфичность.
Результаты и обсуждение. Проведенные исследования на образцах хромосомной ДНК близкородственных бактерий (B. cereus, B. thuringiensis, B. subtilis, B. clausii) показали 100 % специфичность разработанных сетов праймеров/зондов. Чувствительность разработанного мультиплексного набора, исследованная на образцах ДНК вакцинного штамма м55‑ВНИИВВиМ и архивных образцах ДНК B. anthracis, составила 100 фг бактериальной ДНК, что в пересчете определяет предел чувствительности в 16,72 бактериального генома на реакцию. Разработанный мультиплексный набор позволяет использовать его как отдельный инструмент для исследовательских лабораторий, изучающих сибирскую язву.
