Подбор генетических маркеров для выявления ДНК патогенных боррелий

Цель исследования – анализ генетических маркеров возбудителей болезни Лайма, которые можно использовать для специфичной индикации их максимально большего числа штаммов и изолятов.

Материалы и методы. Нуклеотидные последовательности различных генов Borrelia garinii, B. afzelii, B. burgdorferi загружены из базы данных NCBI (Национального центра биологической информатизации). Определение встречаемости анализируемых нуклеотидных последовательностей в генетическом коде различных организмов определяли в программной утилите nBLAST. Для дизайна праймеров и зондов использовали программу Vector NTI 9.1.0 (Invitrogen Corporation, Карлсбад, США). ДНК выделяли, используя набор реагентов «МАГНО-сорб» вариант 100-200 («АмплиСенс», Москва, Россия), согласно инструкции производителя. Праймеры и зонды синтезировали в ЗАО «Евроген» (Москва, Россия). Для проведения ПЦР использовались реактивы производства ЗАО «Синтол» (Москва, Россия).

Результаты и обсуждение. Для достоверной индикации патогенных боррелий методами молекулярно-генетического анализа определены специфичные локусы (гены) различных видов возбудителей: B. garinii, B. afzelii, B. burgdorferi, – которые отличались от генетических кодов других представителей рода Borrelia и от ДНК иных организмов. В результате предварительного определения аналитической значимости исследуемых локусов для дальнейшей работы выбраны следующие гены и локусы: pepX, clpA, ospA, p83/100, ospC и flaB, – из которых для практической индикации ДНК патогенных боррелий выбраны гены flaB и ospA. Индикация генетических маркеров B. burgdorferi и B. afzelii происходит при амплификации гена flaB, а B. garinii и B. afzelii – при использовании в качестве генетического маркера гена ospA.