Сравнение методов оценки генетической дифференциации популяций по микросателлитным маркерам

Проведены сравнительные исследования восьми методов оценки генетической дифференциации по микро-сателлитным (STR) маркерам (11 локусов) ДНК на примере семи породных выборок (N = 84) молочного скота. Диапазон показателей генетического разнообразия выборок был: числа аллелей на локус – 3,5-6,2, числа эффективных аллелей на локус – 2,4-4,3, индекса Шеннона – 0,95-1,56, наблюдаемой и ожидаемой гетерозиготности – 0,56-0,97 и 0,53-0,75. Сводные оценки генетической дифференциации методами группы А (FST, GST и GST(NEI)) составили 13,4, 10,3 и 11,8 % (pperm < 0,001); различия между оценками были статистически незначимыми. Оценки методами группы В (G'ST(HED), G''ST(HED), DEST) составили 36,4, 37,5 и 29,2 % (pperm < 0,001); различия между оценками также были статистически незначимыми. Оценки, полученные методами группы В, статистически значимо превышали оценки методами группы А почти в 3 раза. Методами групп А, В и С (GDN и uGDN) были рассчитаны парные по выборкам генетические дистанции. Несмотря на значительные различия в оценках, тест Мантеля показал высокую степень соответствия матриц генетических дистанций (RM ≥ 0,97; pperm < 0,001), которая про-явилась в проекциях генетических отношений породных выборок на плоскости 1 и 2 главных координат. В совокупности две первые главные координаты объясняли 97-99 % STR-изменчивости в матрицах генетических дистанций. Можно полагать, что при оценке текущей дифференциации популяций по STR-маркерам следует использовать методы группы В. Из них – DEST-статистику, как не зависящую от уровня внутрипопуляционной гетерозиготности. При исследовании пространственной ординации генофондов популяций, по всей вероятности, правомерно использовать любой метод.