Способ определения профиля генов антибиотикорезистентности у штаммов Vibrio cholerae с помощью ПЦР в режиме реального времени

Цель работы заключалась в конструировании и опытно-экспериментальных исследованиях набора реагентов для выявления спектра генов, детерминирующих резистентность к антибактериальным препаратам у штаммов Vibrio cholerae.

Материалы и методы. В работу были взяты штаммы V. cholerae, выделенные от людей и из объектов окружающей среды во время эпидосложнений и в благополучный по холере период. Чувствительность к антимикробным препаратам оценивали диско-диффузионным методом. Полногеномное секвенирование проведено на приборе Illumina MiSeq. Профиль генов резистентности определяли на основании сравнения с базой данных ResFinder. Проведены оптимизация температурного режима, состава реакционных смесей, подбор параметров реакции, определены специфичность, чувствительность и воспроизводимость сконструированного прототипа тест-системы.

Результаты и выводы. Для взятых в работу штаммов определен спектр устойчивости к антибиотикам и профиль генов резистентности. Для разработки мультиплексной ПЦР выбраны наиболее распространенные в популяциях V. cholerae гены, обусловливающие устойчивость к тетрациклину (tetA), стрептомицину (strA), флорфениколу/хлорамфениколу (floR) и триметоприму/сульфаметоксазолу (две формы гена дигидрофолатредуктазы: dfrA1 и dhfR), а также ген интегразы SXT-элемента (int). В реакции специфично выявляются маркеры в соответствии с геномным профилем резистентности, что коррелирует с фенотипическим проявлением устойчивости, определенным диско-диффузионным методом. Чувствительность разработанной панели праймеров и зондов для штаммов V. cholerae составила 103 –104 КОЕ/мл. Таким образом, учитывая специфичность, быстроту и простоту постановки реакции, разработанная система праймеров и зондов может быть успешно применена для предварительной оценки резистентности штаммов V. cholerae к антимикробным препаратам.