Характеристика и филогенетический анализ штаммов Yersinia pseudotuberculosis из Сарыджазского высокогорного очага в Тянь-Шане

Цель исследования – характеристика и молекулярно-генетическая идентификация штаммов Yersinia pseudotuberculosis, выделенных в Сарыджазском высокогорном очаге Тянь-Шаня.

Материалы и методы. Дифференциацию культур Y. pestis и Y. pseudotuberculosis проводили по чувствительности к диагностическим бактериофагам, подвижности, ферментации мочевины, продукции пестицина. Полногеномное секвенирование выполняли с помощью Ion S5 XL System (Thermo Fischer Scientific). Для обработки данных и сборки последовательностей сырых ридов de novo использовали Ion Torrent Suite software package, 5.12 и Newbler gsAssembler 2.6. Дендрограмму строили методом Maximum Likelihood с применением программы PhyML 3.1.

Результаты и обсуждение. Из смешанных с Y. pestis музейных культур, полученных от сурков в Сарыджазском высокогорном очаге, выделены штаммы Y. pseudotuberculosis. По данным полногеномного SNP-анализа они относятся к филогенетической группе O:3 серовара, широко распространенной по всему миру. Y. pseudotuberculosis часто присутствует в смешанных с Y. pestis культурах, выделяемых от грызунов, что следует учитывать при проведении лабораторной диагностики чумы в природных очагах.