Филогения и историко-географический анализ штаммов Yersinia pestis из Вьетнама

Цель работы – выявление молекулярно-генетических особенностей, полногеномное секвенирование и фило- генетический анализ штаммов Yersinia pestis, выделенных во Вьетнаме в период 1962–1989 гг.Материалы и методы. Проведено изучение свойств 50 штаммов Y. pestis, полногеномное секвенирование 18 и фрагментное секвенирование 32 штаммов из Вьетнама. Филогенетический анализ выполнен по данным полногеномного SNP- анализа на основе 1391 выявленного SNP. Полногеномный SNP-анализ и поиск маркерных SNPs выполняли с помощью программы Wombac 2.0. Построение филогенетического дерева проводили с использованием алгоритма Maximum Likelihood.Результаты и обсуждение. Определено наличие нескольких филогенетических ветвей и популяций Y. pestis, соответствующих географическому и историческому распространению штаммов. Основная часть штаммов из Вьетнама относится к ветви, обозначенной нами 1.ORI2v. Два штамма составляют отдельную ветвь вместе со штаммом из Индии линии 1.ORI2, еще один штамм 55-801 Saigon располагается обособленно среди штаммов линии 1.ORI1. На основании полученных данных и литературных источников можно предполо- жить, что проникновение чумы во Вьетнам происходило несколько раз: в город Нячанг в 1898 г. морским путем, в северные провинции страны – в 1908 г. Вторая волна распространения штаммов Y. pestis по территории Вьетнама началась с 60-х годов XX в. с появлением штаммов из природного очага чумы в провинции Юньнань в Китае.

Проблемы особо опасных инфекций

чума

популяционная структура

филогения

восточный биовар

Вьетнам

Цель работы – выявление молекулярно-генетических особенностей, полногеномное секвенирование и фило- генетический анализ штаммов Yersinia pestis, выделенных во Вьетнаме в пе...

Филогения и историко-географический анализ штаммов Yersinia pestis из Вьетнама

Авторы

Никифоров К.А.

Куклева Л.М.

Альхова Ж.В.

Оглодин Е.Г.

Макашова М.А.

Нарышкина Е.А.

Гусева Н.П.

Ерошенко Г.А.

Hong Chien Dang

Thi Mo Lyong

Рекомендуем изучить