Филогенетическое положение и особенности структуры геномов ctxAB– tcpA+ Vibrio cholerae из поверхностных водоемов на неэндемичной по холере территории

Цель – анализ происхождения ctxAB– tcpA+ Vibrio cholerae О1 El Tor из поверхностных водоемов на неэндемичной по холере территории, а также их филогенетического родства с различными по эпидемической значимости группами штаммов на основе исследования структуры генов жизнеобеспечения и полных геномов. Материалы и методы. В исследование включено 25 штаммов V. cholerae, выделенных в Сибири и на Дальнем Востоке, в том числе два ctxAB– tcpA+ штамма из поверхностных водоемов (Алтайский край, 2011 г.; Хабаровский край, 2013 г.). Для филогенетического анализа использованы геномы 36 штаммов V. cholerae из GenBank. MLST проводилось по генам dnaE, cat, lap, pgm, recA, gyrB, chi, MLST in silico – по генам adk, gyrB, metE, mdh, pntA, purM, pyrC. Реконструкция филогении осуществлялась на основании анализа SNP в геномах V. cholerae с использованием программы PhyML 3.0. Результаты и обсуждение. При MLST ctxAB– tcpA+ V. cholerae О1 El Tor из поверхностных водоемов формируют самостоятельный генотип в группе токсигенных штаммов и спонтанных мутантов токсигенных штаммов. В in silico MLST ctxAB– tcpA+ изоляты демонстрируют принадлежность к SТ75, характерному для US Gulf филогенетической линии. При SNP-типировании штаммы ctxAB– tcpA+ из поверхностных водоемов вошли в группу, основание которой представлено US Gulf V. cholerae, а изолят из Хабаровска (2013 г.) демонстрирует высокий уровень гомологии генома с US Gulf-подобным штаммом, выделенным в Китае (2009 г.). Установлена идентичность организации острова патогенности VPI-1 у штаммов из Хабаровска и Китая, а также наличие у них острова пандемичности VSP-I. Результаты свидетельствуют о принадлежности ctxAB– tcpA+ V. cholerae из поверхностных водоемов Сибири и Дальнего Востока к US Gulf филогенетической линии и, в совокупности с данными эпидемиологического анализа, позволяют судить об их завозном происхождении.

Проблемы особо опасных инфекций

Vibrio cholerae

мультилокусное сиквенс-типирование

полногеномное секвенирование

филогенетический анализ

Цель – анализ происхождения ctxAB– tcpA+ Vibrio cholerae О1 El Tor из поверхностных водоемов на неэндемичной по холере территории, а также их филогенетического родства с ра...

Филогенетическое положение и особенности структуры геномов ctxAB– tcpA+ Vibrio cholerae из поверхностных водоемов на неэндемичной по холере территории

Авторы

Миронова Л.В.

Бочалгин Н.О.

Гладких А.С.

Феранчук С.И.

Пономарева А.С.

Балахонов С.В.

Рекомендуем изучить