Молекулярно-генетическая характеристика штаммов Yersinia pestis, выделенных на монгольской территории трансграничного Сайлюгемского природного очага чумы

Цель - изучение филогенетической принадлежности и родственных связей штаммов чумного микроба, изолированных из полевого материала в ходе эпизоотологического обследования монгольской части трансграничного Сайлюгемского природного очага чумы. Материалы и методы. MLVA25-типирование проведено на 81 штамме чумного микроба, 55 из которых изолированы в 2017-2018 гг. на территории монгольской части трансграничного Сайлюгемского природного очага чумы. В качестве группы сравнения использованы штаммы возбудителя чумы, выделенные в природных очагах Северо-Западной Монголии и Южной Сибири в разные годы. Проведено полногеномное секвенирование 21 штамма чумного микроба основного подвида, выделенных в Монголии в 2018 и 1988-1990 гг. и в Российской Федерации (Горный Алтай) в 2012-2016 гг. SNP-типирование выполнялось на основании анализа полных геномов штаммов Yersinia pestis, определенных в настоящем исследовании, а также геномов, размещенных в международной базе данных GenBank. Поиск однонуклеотидных полиморфизмов в геномах чумного микроба осуществлялся двумя способами: с помощью программы snippy v. 4.3.5 и с использованием пакета mummer v. 3.1 и ряда авторских скриптов. Филогенетическая реконструкция выполнялась с использованием метода RAxML. Результаты и обсуждение. По результатам MLVA25 Y. pestis subsp. pestis выявлено, что штаммы, изолированные в монгольской и российской частях Сайлюгемского и Хуух-Сэрх-Мунх-Хаирханского природных очагов, входят в один кластер. При SNP-типировании изученные изоляты с монгольской и российской территорий группируются с высоким уровнем достоверности в филогенетическую линию 4.ANT, что свидетельствует о генетическом сходстве указанных групп патогена. Данные MLVA- и SNP-типирования показывают незначительную вариабельность возбудителя чумы на территории монгольской части трансграничного Сайлюгемского природного очага чумы. На основании проведенного исследования и результатов эпизоотологического мониторинга приграничных территорий России и Монголии можно сделать предположение о постепенном широком проникновении Y. pestis subsp. pestis в поселения, преимущественно, серого сурка в Юго-Восточном Алтае из Северо-Западной Монголии.

Проблемы особо опасных инфекций

Yersinia pestis

МВУА25-типирование

SNP-типирование

трансграничный Сайлюгемский природный очаг чумы

Цель - изучение филогенетической принадлежности и родственных связей штаммов чумного микроба, изолированных из полевого материала в ходе эпизоотологического обследования мо...

Молекулярно-генетическая характеристика штаммов Yersinia pestis, выделенных на монгольской территории трансграничного Сайлюгемского природного очага чумы

Авторы

Балахонов С.В.

Ярыгина М.Б.

Гладких А.С.

Миронова Л.В.

Феранчук С.И.

Бочалгин Н.О.

Рождественский Е.Н.

Витязева С.А.

Нацагдорж Б.

Цэрэнноров Д.

Рекомендуем изучить