Новые генетические маркеры для молекулярного типирования штаммов Bacillus anthracis

Цель - выявление новых генетических маркеров для использования в молекулярном типировании Bacillus anthracis. Материалы и методы. исследовали геномы 16 штаммов B. anthracis из коллекции ФКУЗ «Ставропольский противочумный институт», 11 штаммов B. anthracis и 5 штаммов Bacillus cereus из GenBank. использовали методы анализа in vitro и in silico канонических и полногеномных единичных нуклеотидных полиморфизмов (SNP), областей генома с вариабельным числом тандемных повторов (VNTR). Результаты и обсуждение. У ряда штаммов B. anthracis главной генетической линии B в пределах гомологичных генов трицистронного оперона gerH, кодирующего белки, связанные прорастанием спор, имеются делеции и (или) замены единичных нуклеотидов. гены gerA оперона содержат VNTR-локус Bams34, размеры генов у разных штаммов варьируют из-за разного числа тандемных повторов и наличия инделов, что предполагает вариабельность белков GerA прорастания спор. в области отжига обратного праймера у части из них имеются SNP или делеция, что делает невозможной пцр-амплификацию локуса Bams34. идентифицированы не описанные VNTR-локус, SNP и индел в последовательностях плазмид pXO1 и pXO2, а также SNP в хромосомном гене транспортера глицерол-3-фосфата. сконструированы две пары пцр-праймеров к плазмидным областям, содержащим инделы. VNTR-локус, SNP и инделы в последовательностях плазмид pXO1 и pXO2 пригодны в качестве генетических маркеров для дифференциации типичных вирулентных диплазмидных штаммов по принадлежности к основным генетическим линиям B. anthracis A, B и C. Аллель T SNP в пределах хромосомного гена glpT является специфичной для одного из двух штаммов, выделенных в ходе одной вспышки сибирской язвы, и отличает его от всех других штаммов B. anthracis.

Проблемы особо опасных инфекций

Bacillus anthracis

молекулярное типирование

VNTR

инделы

главные генетические линии

Цель - выявление новых генетических маркеров для использования в молекулярном типировании Bacillus anthracis. Материалы и методы. исследовали геномы 16 штаммов B. anthracis...

Новые генетические маркеры для молекулярного типирования штаммов Bacillus anthracis

Авторы

Еременко Е.И.

Рязанова А.Г.

Писаренко С.В.

Буравцева Н.П.

Печковский Г.А.

Аксенова Л.Ю.

Семенова О.В.

Варфоломеева Н.Г.

Головинская Т.М.

Чмеренко Д.К.

Рекомендуем изучить