Синтез генома бактериофага N4

В настоящее время бактериофаги рассматриваются как альтернатива антибиотикам для профилактики и терапии инфекционных заболеваний, вызываемых бактериями, в частности холеры.Цель работы – продемонстрировать метод получения синтетического бактериофага, специфически активного в отношении Vibrio cholerae. В качестве объекта выбран вибриофаг N4.Материалы и методы. Последовательность генома вибриофага N4 (38,5 тыс. п.о.) взята из базы данных NCBI GenBank. Последовательность была разбита на генные блоки (1500– 2000 п.о.). Генные блоки, в свою очередь, разбиты на олигонуклеотиды. Разбиение последовательности проводилось с помощью разработанного нами программного обеспечения BAC-browser. Олигонуклеотиды были химически синтезированы. Из них собраны генные блоки. Затем из полученных генных блоков синтезирован полный геном вибриофага N4. Сборка синтетического генома проходила в два этапа. На первом этапе получены кассеты генных блоков по 5–7 штук размером от 7 до 10,5 тыс. п.о. с помощью гомологичной рекомбинации в дрожжах. Затем полученные кассеты амплифицированы и использованы для сборки in vitro с помощью 5’-3’-экзонуклеазы и термостабильной ДНК-полимеразы. Полученный препарат использовался для электропорации клеток В настоящее время бактериофаги рассматриваются как альтернатива антибиотикам для профилактики и терапии инфекционных заболеваний, вызываемых бактериями, в частности холеры. Цель работы – продемонстрировать метод получения синтетического бактериофага, специфически активного в отношении Vibrio cholerae. В качестве объекта выбран вибриофаг N4. Материалы и методы. Последовательность генома вибриофага N4 (38,5 тыс. п.о.) взята из базы данных NCBI GenBank. Последовательность была разбита на генные блоки (1500– 2000 п.о.). Генные блоки, в свою очередь, разбиты на олигонуклеотиды. Разбиение последовательности проводилось с помощью разработанного нами программного обеспечения BAC-browser. Олигонуклеотиды были химически синтезированы. Из них собраны генные блоки. Затем из полученных генных блоков синтезирован полный геном вибриофага N4. Сборка синтетического генома проходила в два этапа. На первом этапе получены кассеты генных блоков по 5–7 штук размером от 7 до 10,5 тыс. п.о. с помощью гомологичной рекомбинации в дрожжах. Затем полученные кассеты амплифицированы и использованы для сборки in vitro с помощью 5’-3’-экзонуклеазы и термостабильной ДНК-полимеразы. Полученный препарат использовался для электропорации клеток V. cholerae. Результаты и обсуждение. Синтетический геном вибриофага N4 был доставлен с помощью электропорации в штамм V. cholerae M818 O1 биовар Эль Тор. В результате наблюдалось образование литических бляшек на газоне V. cholerae. Разработанный нами спектр технологий: программное обеспечение для дизайна сборок, ферменты и буферы для синтеза генных блоков и их сшивки методом гомологичной рекомбинации in vitro, метод получения сборок крупного размера в дрожжах – можно использовать для получения искусственных бактериофагов с рациональным дизайном генома. Ключевые слова: холера, бактериофаг, синтез генома.Результаты и обсуждение. Синтетический геном вибриофага N4 был доставлен с помощью электропорации в штамм V. cholerae M818 O1 биовар Эль Тор. В результате наблюдалось образование литических бляшек на газоне V. cholerae. Разработанный нами спектр технологий: программное обеспечение для дизайна сборок, ферменты и буферы для синтеза генных блоков и их сшивки методом гомологичной рекомбинации in vitro, метод получения сборок крупного размера в дрожжах – можно использовать для получения искусственных бактериофагов с рациональным дизайном генома.

Проблемы особо опасных инфекций

холера

бактериофаг

синтез генома

В настоящее время бактериофаги рассматриваются как альтернатива антибиотикам для профилактики и терапии инфекционных заболеваний, вызываемых бактериями, в частности холеры....

Синтез генома бактериофага N4

Authors

Фисунов Г.Ю.

Семашко Т.А.

Евсютина Д.В.

Цой Е.А.

Харрасов Д.Р.

Гумаюнова К.С.

Тучков И.В.

Никифоров К.А.

Рыбальченко Д.А.

Кутырев В.В.

We recommend that you study