Идентификация генов-кандидатов, связанных с ростом и развитием овец из кроссбредной популяции, с использованием полногеномного поиска ассоциаций

В статье представлены результаты поиска полногеномных ассоциаций с фенотипическими показателями, характеризующими рост и развитие овец из кроссбредной популяции, полученной от скрещивания овец романовской породы и F1 гибридных баранов (романовская овца х катадин). База фенотипов включала десять промеров туловища (высота в холке, высота в крестце, высота спины, глубина груди, ширина груди за лопатками, ширина в маклоках, длина туловища, косая длина туловища, обхват груди, обхват пясти), зафиксированных в возрасте 6 дней, 3, 6 и 9 месяцев. Генотипирование овец проводили с помощью ДНК-чипов высокой плотности, содержащих около 600 000 SNP-маркеров. Полногеномные ассоциативные исследования (genome-wide association study, GWAS) выполнены путем регрессионного анализа в программе STATISTICA 10. Поиск генов-кандидатов, локализованных в области SNP, был осуществлен посредством Ensembl genome browser 110. Проведен анализ совпадений, идентифицированных SNP с известными локусами количественных признаков (QTL), включенными в базу данных Sheep Quantitative Trait Locus Database. Выявлены SNP, достоверно ассоциированные с изучаемыми фенотипическими показателями, располагающиеся внутри QTL, среди которых наиболее часто встречались категории «Масса туши», «Масса мышечной ткани в туше», «Живая масса» и «Масса костей». Установлено, что SNP, достоверно ассоциированные с экстерьерными показателями, были локализованы внутри или в непосредственной близости от 64 генов. Обнаружены потенциальные кандидаты, регулирующие рост мышечной (FOXO3, PRKAG3, MYOZ2 и ANKRD1) и хрящевой тканей (FGF12) и участвующие в критических для роста ягнят метаболических процессах (CLDN, ALB и MRC1). Наряду с известными у овец функциональными кандидатами (CAST и SCD5) выявлены гены, не описанные ранее у овец, но регулирующие процессы роста и развития у других видов сельскохозяйственных животных, в том числе гены RAB28, PRKAG3 и FOXO3. Идентифицированные SNP могут быть рекомендованы для включения в программы маркер-ориентированной селекции в овцеводстве.