Особенности споруляции основных генетических линий Bacillus anthracis
Abstract
Цель работы – характеристика генов и белков споруляции штаммов Bacillus anthracis основных генетических линий.
Материалы и методы. Анализ геномов проводили in silico, используя геномы: B. anthracis Ames Ancestor в качестве референсного, 47 штаммов B. anthracis из базы данных GenBank NCBI, относящихся к основным генетическим линиям A, B, C, геном штамма CI Bacillus cereus biovar anthracis, 7 штаммов из коллекции ФКУЗ Ставропольский противочумный институт Роспотребнадзора, а также ресурс NCBI Protein Database. Идентификацию полиморфизмов осуществляли в программах BLASTn, BLASTp, MEGA X, MAUVE, Tandem Repeat Finder. Последовательности генов и белков выравнивали в программе MEGA X.
Результаты и обсуждение. Сравнение полиморфизмов белков и генов споруляции трех основных генетических линий показало, что количество всех форм у штаммов B. anthracis линий B, C и B. cereus biovar anthracis превышало таковые у штаммов линии A в 4,5–10, 6,8–92 и 160–2078 раз соответственно. Бóльшее количество несинонимичных SNP в генах споруляции c изменением аминокислотного состава и функции белков у штаммов B. anthracis основных генетических линий B, С и B. cereus biovar anthracis, чем у штаммов линии A, предполагает их ограниченные адаптационные возможности и может быть одним из объяснений меньшей распространенности по сравнению с линией A.
