Генотипирование штаммов Yersinia pseudotuberculosis , выделенных на территории России, с помощью MLST

Цель исследования – генотипирование штаммов Yersinia pseudotuberculosis, выделенных в России, с помощью мультилокусного сиквенс-типирования (MLST), сравнительный анализ результатов MLST с результатами INDEL-типирования. Материалы и методы. В работе анализировали 348 штаммов различных серотипов, выделенных в разных регионах мира, включая 59 российских штаммов. Из базы данных NCBI использовано 302 штамма. Определение нуклеотидных последовательностей штаммов проводили при использовании технологической платформы MiSeq. Для MLST-анализа применена авторская программа MLSTtyper. Результаты и обсуждение. Выяснено, что на территории России циркулируют штаммы как минимум 2, 9, 19, 26, 32, 42, 43 STтипов. Большинство изученных российских штаммов относились к ST2-типу (58 %). Филогенетический анализ, проведенный с помощью данных MLST, показал, что ряд кластеров содержат штаммы, которые циркулируют на территории России долгое время, а штаммы этих генотипов не встречаются за рубежом. Часть российских штаммов вошла в кластеры, содержащие штаммы, выделенные в различных регионах мира, и может быть отнесена к штаммам либо «азиатского», либо «европейского» типов. Данные, полученные с помощью программы MLSTtyper, совпали с данными зарубежных авторов при анализе методом MLST тех же самых штаммов. Сравнение результатов генетической дифференциации штаммов Y. pseudotuberculosis с помощью MLST и INDEL-типирования свидетельствует о том, что MLST обладает большей дискриминационной способностью, однако в ряде случаев INDEL-генотипирование позволяет дифференцировать те штаммы, которые имели один ST-генотип.