Филогенетические связи штамма B. mallei , вызвавшего в 2023 г. вспышку сапа лошадей в Забайкальском крае

Цель – определение филогеографических и фенотипических характеристик штамма Burkholderia mallei, вызвавшего в 2023 г. вспышку сапа лошадей на территории Забайкальского края. Материалы и методы. Культуру B. mallei из секционного материала выделяли согласно МУ 4.2.3744-22. Фенотипические характеристики исследовали бактериологически и с использованием системы VITEK®2 GN. Молекулярно-генетический анализ генома B. mallei 16050 в сравнении с 103 геномами из публичных баз данных проводили с использованием ресурсов PubMLST, NGphylogeny и iTOL v6. Результаты и обсуждение. Выделенные от сапной лошади из Читы штаммы B. mallei 16050 и 15747, идентифицированные методом ПЦР, отличались по морфологическим характеристикам, но имели идентичные атипичные биохимические профили, определившие их ошибочную идентификацию системой Vitek 2 (GN) как Sphingomonas paucimobillis. Анализ шотган полногеномных последовательностей подтвердил идентичность этих штаммов, последующее исследование проводили с использованием сиквенса штамма B. mallei 16050, имеющего более высокое качество сборки. Филогенетический анализ на основании результатов cgMLST методом максимального правдоподобия показал вхождение штамма B. mallei 16050 в отдельный кластер (бутстреп 91 %). В ближайший кластер (бутстреп 100 %) вошли пять штаммов, три из которых (В-120, Ц-5 и Ц-4) имеют достоверно монгольское происхождение, для еще двух (Z-12 и 10230) высокое сходство с монгольскими штаммами показано в настоящей работе. Выявлено, что 87 локусов штамма 16050 имели новые аллели, что может послужить в качестве маркера при проведении геномного надзора и расследования заносных случаев сапа. Полученные данные позволяют с высокой долей вероятности предположить, что штамм B. mallei, вызвавший в 2023 г. вспышку сапа лошадей в г. Чите, имеет монгольское происхождение.

Проблемы особо опасных инфекций

B. mallei

сап

cgMLST

геномный надзор

Цель – определение филогеографических и фенотипических характеристик штамма Burkholderia mallei, вызвавшего в 2023 г. вспышку сапа лошадей на территории Забайкальского края...

Филогенетические связи штамма B. mallei , вызвавшего в 2023 г. вспышку сапа лошадей в Забайкальском крае

Authors

Захарова И.Б.

Чирсков П.Р.

Тетерятникова Н.Н.

Топорков А.В.

We recommend that you study