Информационный контент полиморфизма STR-локусов в выборках быков-производителей трёх пород

Данные генотипирования по 11 микросателлитным локусам (STR) производителей джерсейской (JER; n = 10), красной скандинавской (RED; n = 29) и голштинской (HOL; n = 45) пород использовали для расчёта информационного контента полиморфизма (𝑷𝑰𝑪). По JER-выборке оценки 𝑷𝑰𝑪 локусов были в диапазоне [0,222; 0,680], по REDвыборке – [0,448; 0,802], по HOL-выборке – [0,466; 0,825]; средние соответственно 0,470, 0,650 и 0,682. Различия среднего по JER-выборке со средними по RED- и HOL-выборкам были статистически значимыми (𝒑_{𝒗𝒂𝒍𝒖𝒆} < 0,005). Высокоинформативных локусов (𝑷𝑰𝑪 > 0,6) в JER-, RED- и HOL-выборках было 36,4, 63,6 и 72,7 % соответственно. В 2D-проекции анализа соответствия породных выборок с четырьмя категориями – первая размерность объясняла 94,5 % извлеченной инверсии, вторая – 4,5 %. На ординации проявилась близость RED- и HOL-выборок и их контраст с JER-выборкой. Также имели место близость 2-ой (𝑷𝑰𝑪 = 0,4-0,6) и 3-ей (𝑷𝑰𝑪 = 0,61-0,8) категорий, их контраст с 4-ой категорией (PIC > 0,8) и более значительный – с 1-ой категорией (𝑷𝑰𝑪< 0,4). Для идентификации животных с ошибкой 0,0001 в JER-выборке было достаточно пять, в RED-выборке – четыре, в HOL-выборке – три локуса с высокими показателями 𝑷𝑰𝑪. При проверке происхождения, когда генотипы обоих родителей известны, вероятность исключения 99,9 % достигалась в HOL-выборке по 8 локусам, в RED-выборке – по 10, в JER-выборке требовалось более 11 локусов. В случае, когда известен генотип одного родителя, все 11 локусов в JER-, RED- и HOL-выборках могли обеспечить вероятность исключения 88,2, 98,3 и 99,1 % соответственно. Показатели индивидуальной гетерозиготности одних и тех же производителей, рассчитанные по высокоинформативным и низкоинформативным локусам, были статистически независимыми (r² = 0,07). Оценки индексов фиксации (𝑮_𝑺𝑻, 𝑮′_{𝑺𝑻(𝑵)}), их модификаций (𝑮′_{𝑺𝑻(𝑯)}, 𝑮′_𝑺𝑻) и межпородной дифференциации (𝑫_𝒆𝒔𝒕, 𝑫′) RED- и HOL-выборок были: по 11 локусам – 0,056 и 0,105, 0,331 и 0,366, 0,292 и 0,343; по пяти низкоинформативным локусам (𝑷𝑰𝑪_𝒎𝒊𝒏) – 0,07 и 0,13, 0,292 и 0,338, 0,238 и 0,269; по пяти высокоинформативным локусам (𝑷𝑰𝑪_𝒎𝒂𝒙) – 0,034 и 0,066, 0,319 и 0,342, 0,295 и 0,355 соответственно. При планировании широкомасштабных популяционно-генетических исследований выбор высокоинформативных маркеров ДНК, по крайней мере, не снизит точность генетических оценок и тестов, но сократит затраты на генотипирование и анализы меньшего числа локусов.