Бактериальный пангеном

В обзоре представлен анализ данных литературы о пангеномных исследованиях с начала 2000-х гг. В молекулярной биологии и генетике пангеном – совокупность всей генетической информации рассматриваемой группы организмов (вида или монофилетической группы организмов). Пангеном структурно разделяют на основной геном, который содержит гены, имеющиеся во всех исследуемых генетических последовательностях, дополнительный геном – это гены, общие для большинства геномов (10–95 %), и облачный геном – гены, присутствующие не у всех представителей вида, или гены, присутствующие только в одном из геномов или встречающиеся менее чем в 10 % геномов. Некоторые авторы также называют облачный геном «вспомогательным геномом», содержащим «необязательные» гены или штаммоспецифичные гены. Также одним из важных показателей генетического разнообразия внутри таксона является понятие открытого и закрытого пангеномов, что позволяет судить о внутривидовом разнообразии, связанном с различными генетическими событиями. Таким образом, пангеномика – это быстро развивающееся направление на стыке микробиологии, биоинформатики, эпидемиологии, которое открывает новые горизонты в исследованиях. В связи с усовершенствованием методов секвенирования концепция одного «эталонного» или «референсного» генома может быть несостоятельной и достаточно ограниченной, поэтому для полного понимания картины и восполнения данных возможно использование концепции пангеномов.