Внутривидовая дифференциация Yersinia pestis с использованием масс-спектрометрического анализа

Цель исследования – оценка подходов и возможностей дифференциации штаммов возбудителя чумы основного и неосновных подвидов с использованием метода масс-спектрометрического анализа.
Материалы и методы. В работе использовали 102 штамма Yersinia pestis четырех подвидов, выращенные на агаре LB, рН (7,2±0,1), при температуре плюс (28±1) °С в течение (48±1) ч. Снятие масс-спектров образцов производили в автоматическом режиме с частотой лазера 60 Гц на масс-спектрометре Microflex LT (Bruker Daltonics, Германия). Спектры анализировали в диапазоне масс 2–20 КДа.
Результаты и обсуждение. Рассмотрены различные подходы к дифференциации штаммов чумного микроба по подвидам (биоварам) с использованием метода MALDI-TOF массспектрометрии. При применении визуального анализа для исследуемой выборки не удалось выбрать фрагменты протеинограммы, которые могли бы считаться специфичными сигналами для каждого подвида или биовара Y. pestis. При помощи кластерного анализа программы MALDI Biotyper отмечено формирование двух отдельных кластеров, включающих масс-спектры штаммов основного и кавказского подвидов чумного микроба. Масс-спектры штаммов Y. pestis центральноазиатского и улегейского подвидов не группируются в обособленные кластеры. При оценке информативности пиков в масс-спектрах продемонстрировано, что один и тот же пик имеет различное весовое значение для разных подвидов (биоваров). Таким образом, рассмотрена возможность применения различных подходов при анализе белковых профилей штаммов Y. pestis для их дифференциации по подвидам и/ или биоварам.