Генетическая гетерогенность штаммов Francisella tularensis subspecies mediasiatica

Цель исследования – сравнительный филогенетический анализ штаммов Francisella tularensis subsp. mediasiatica, изолированных на территориях современных республик Казахстан и Узбекистан, Алтайского края и Республики Алтай Российской Федерации в период с 1960 по 2024 г.
Материалы и методы. Использовали 77 штаммов F. tularensis, изолированных в период с 1960 по 2024 г. на территориях современных республик Казахстан и Узбекистан, Алтайского края и Республики Алтай Российской Федерации. Для определения подвида применяли метод INDEL-типирования. VNTR-генотипирование проводили по пяти локусам. Выявление клональных комплексов осуществляли методом MST.
Результаты и обсуждение. Сравнительный анализ VNTRгенотипов 42 штаммов F. tularensis subsp. mediasiatica, циркулирующих в природных очагах Алтая с 2011 по 2024 г., позволил выявить три клональных комплекса (СС1 – СС3), представленных соответственно 13, 14 и 7 индивидуальными генотипами. Штаммы (27) «казахстанской» популяции штаммов F. tularensis subsp. mediasiatica представлены отдельным клональным комплексом СС4. Впервые установлено, что «алтайская» популяция штаммов F. tularensis подвида mediasiatica представлена тремя клональными комплексами СС1 – СС3. На одних и тех же территориях Алтайского региона в разное время могут циркулировать штаммы различных клональных комплексов. Отмечено высокое генетическое разнообразие «алтайской» популяции штаммов среднеазиатского подвида (индекс разнообразия Нея DI = 0,991). Впервые проведен сравнительный филогенетический анализ «казахстанской» и «алтайской» популяций возбудителя туляремии среднеазиатского подвида. Показано, что «казахстанская» популяция образует отдельный клональный комплекс СС4 и связана с «алтайскими» клональными комплексами через разные клоны. Результаты генотипирования указывают на возможное происхождение «алтайской» популяции штаммов подвида mediasiatica.