Характеристика генетической вариабельности вируса клещевого энцефалита в Эхирит-Булагатском районе Иркутской области

Обоснование. Эхирит-Булагатский район Иркутской области является единственной территорией в мире, где зафиксирована одновременная циркуляция всех известных субтипов вируса клещевого энцефалита (ВКЭ), за исключением гималайского. Своеобразие экологии данного района обосновывает его выбор в качестве модели для изучения влияния экологических факторов на формирование гетерогенной вирусной популяции, а генетическая вариабельность циркулирующего на его территории ВКЭ заслуживает более детального описания.

Цель. Характеристика генетического разнообразия ВКЭ, циркулирующего на территории Эхирит-Булагатского района Иркутской области.

Материалы и методы. Исследовано 39 штаммов ВКЭ из коллекции ФГБНУ НЦ ПЗСРЧ, выделенных из различных источников на территории Эхирит-Булагатского района. Для генотипирования штаммов использован комплекс молекулярно-генетических методов (МГНК, секвенирование по Сэнгеру, NGS).

Результаты. На основе анализа кодирующих последовательностей генома подтверждена циркуляция на территории Эхирит-Булагатского района четырех субтипов ВКЭ (сибирский, дальневосточный, европейский, байкальский) и выявлен штамм 178-79 с оригинальной генетической структурой. Показаны различия генотипического состава ВКЭ, изолированного от иксодовых клещей и мелких млекопитающих, обитающих в различных типах ландшафта. Сделано предположение о важной роли таежных клещей в отборе сибирского субтипа вируса. Высказана гипотеза о том, что длительная совместная циркуляция сразу нескольких субтипов ВКЭ на одной территории создает предпосылки для появления штаммов с «мозаичной» генетической структурой. Проведен сравнительный анализ геномов штаммов из Эхирит-Булагатского района и других районов Иркутской области. Выявлены уникальные аминокислотные замены в структурных и неструктурных белках вируса, характерные для штаммов из изучаемого района.

Заключение. Доказано, что Эхирит-Булагатский район является уникальным с точки зрения генетической вариабельности ВКЭ, которая характеризуется широким спектром циркулирующих субтипов и наличием оригинальных генотипических аминокислотных замен внутри каждого из выявленных субтипов.