Изучение структуры генов белков-регуляторов в штаммах геновариантов Vibrio cholerae О1 биовара Эль Тор, изолированных в разные годы седьмой пандемии холеры

Цель работы – сравнительный анализ структуры генов, кодирующих регуляторные белки в штаммах геновариантов Vibrio cholerae О1 биовара Эль Тор, выделенных на эндемичных и неэндемичных по холере территориях в разные годы седьмой пандемии холеры, и их филогенетический анализ. Материалы и методы. Использовали нуклеотидные последовательности полных геномов 75 токсигенных геновариантов V. cholerae О1 Эль Тор с аллелями ctxB1 и ctxB7, представленных в NCBI GenBank, ENA, VGARus. Биоинформационный анализ проводили с применением алгоритма Blast (http://blast.ncbi), MEGA X. Филогенетический анализ осуществляли с использованием сервера REALPHY. Результаты и обсуждение. Изучена структура 13 локусов (toxT, aphA, aphB, luxO, luxT, gntR, hapR, lysR_vc2383, lysR_vc1617, hns, vieA, carR, carS). Установлено стабильное сохранение в геноме всех штаммов генов aphB и carS, у 99 % – toxT, aphA и luxT. У всех геновариантов присутствует измененный ген gntR (G565A), кодирующий белок, репрессирующий ферментацию глюконата. Большинство геновариантов имеют интактный ген hapR, в отличие от референтного штамма N16961, у которого в этом гене делетирован тимин в позиции 219. Некоторые зарубежные штаммы включают дополнительные мутации в данном гене. Выявлена высокая вариабельность гена luxO. Мутации в других регуляторных генах накапливались постепенно и стабильно сохранялись. При филогенетическом анализе все изученные штаммы, выделенные в разных эндемичных странах и завезенные в РФ и сопредельные страны, четко разделились на четыре кластера в соответствии со структурой регуляторных генов. Таким образом, высоковирулентные геноварианты, выделяемые в настоящее время на эндемичной территории и завозимые в РФ, имеют генотип hapR (insТ219), lysR_vc2383 (C110T), hns (G319A), lysR_vc1617 (A650C), vieA (C235T), carR (G265A).